比较不同列的两个文件，并打印不同的列

Question

我想比较一下file2的第二栏和file1的第一栏。如果它们相等，我想将file1的第二列添加到file2中，如output.txt中所示。

file2

chr5    ENST00000514151    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

file1

ENST00000512281    a
ENST00000504031    b
ENST00000776348    c

output.txt

chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +

我能把文件和

awk 'NR==FNR{a[$1];next}$2 in a{print}' file1 file2

这提供了以下产出：

chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

但是我不知道如何在输出中添加file1的第二个colum。

Answer 1

您可以使用$2将file1中的值存储到数组中。所以你可以试着：

awk '
   NR==FNR{ 
     a[$1]=$2 ; next }
   $2 in a {
     $1=$1 FS a[$2]
     print 
   }' file1 file2

输出：

chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +

解释：

• 这在file2中修改了file2中的$1=$1 FS a[$2]，其中FS是默认的字段分隔符，它是一个空格。然后重新构建记录，以便以后可以由print打印。
• 如果需要，可以将print简化为1。就像$2 in a { $1=$1 FS a[$2] }1
• 请注意，这将在file2中重新构建记录，因此任何空格或制表符序列都将被截断为输出中的单个空格。要在file2中保留原始格式，可以使用Gnu版本4中的split()函数。