Biopython的马尾和肌肉

Question

我在使用biopython时遇到了问题，我有PythonVersion3.3，我安装了biopython-1.61.win-AMD 64-py3.3，我想将Clustalw或Muscle的DNA序列对齐。

对于Clustalw:

from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL

我得到以下错误：

No module named 'Bio.Clustalw'

对于Muscle:

>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(input="input.fasta")
>>> stdout, stderr = muscle_cline()

我得到以下错误：

stdout, stderr = muscle_cline()
  File "..\..\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 434, in __call__
    shell=(sys.platform!="win32"))
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 818, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 1096, in _execute_child
    raise WindowsError(*e.args)
FileNotFoundError: [WinError 2] The specified file is not found

Answer 1

首先，尝试从这里安装Biopython1.63，它可能解决一些问题。

第二，确保您使用的是来自Biopython的最新的Python --您可能希望再次运行安装程序，以确保您的文件没有损坏，如果您在更新Biopython之后仍然收到相同的错误。

我发现这表示不推荐Bio.Clustalw。

这个模块已经被用于对齐解析的Bio.AlignIO框架和Bio.Align.Applications中用于调用该工具的ClustalW命令行包装器所取代。这两者都在当前版本的Biopython教程和Cookbook中进行了描述。

所以这就解释了。至于Bio.Align.Applications.MuscleCommandLine，在它上运行help()给出了以下代码示例：

>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_exe = r"C:\Program Files\Aligments\muscle3.8.31_i86win32.exe"
>>> in_file = r"C:\My Documents\unaligned.fasta"
>>> out_file = r"C:\My Documents\aligned.fasta"
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)
>>> print(muscle_cline)
"C:\Program Files\Aligments\muscle3.8.31_i86win32.exe" -in "C:\My Documents\unaligned.fasta" -out "C:\My Documents\aligned.fasta"

因此，您的错误是指示没有找到正确的muscle.exe，因此需要将其位置作为参数传递。