在本地MySQL EnsEMBL数据库中通过PyCogent列出物种名称？

Question

我们有一个本地的EnsEMBL MySQL数据库，其中包含带注释的蚊子基因组。

PyCogent食谱声明Here，您可以通过cogent.db.ensembl.HostAccount模块从本地MySQL EnsEMBL数据库访问/查询数据。Here是PyCogent的源代码。

但我无法访问这些数据，因为函数的先验假设是，我知道物种的确切名称(字符串)，我试图查询它们的基因组.在网上搜索了几个小时之后，如果有人能告诉我如何列出物种的名称( PyCogent会理解的)，我会非常感激，这样我才能最终查询本地数据库中的基因组数据。

这段代码显示了我的问题，请注意注释：

Release = 73

from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome

acc = HostAccount('localhost', 'username1', 'password1')  # login details to MySQL server

genome = Genome(Species='?????',Release=73,account=acc)   # Where can I find the available Species list so I can replace the '?????'

Answer 1

我看了PyCogent的源代码后，找到了@dpryan79 (来自Biostars)的有用提示，结果发现，查看可用物种名称的唯一方法是登录到MySQL服务器并列出数据库，数据库名称本身需要一个命名约定，即由下划线(_)分隔的前两个字符串分别是属名和种名。

因此，通过终端登录到mysql服务器：

mysql -hlocalhost -uuser1 -ppass1

然后输入：

SHOW DATABASES 

通过查看每个数据库的名称，特别是以下划线分隔的前两个字符串，我可以看到可用的物种，例如，下面列出的数据库：

anopheles_gambiae_core_1312_73_1
anopheles_arabeinsis_core_1312_73_1
anopheles_funestus_core_1312_73_1
anopheles_gambiaeM_core_1312_73_1

建议我有以下可用的物种：anopheles gambiae, anopheles arabeinsis, anopheles funestus和anopheles gambiae type M