GEXF文件节点定位，逻辑是什么？

Question

所以我有大约250万个节点来自不同的来源，大部分是系统发育树和其他数据库的数据。我正在尝试使用σ实现来可视化一个网络地图，并准备用脚本编写xml。我无法理解的是，x和y的位置是如何计算的？les_miserable可视化清楚地表明它是有序的，而gexf文档并没有说明我们应该如何计算x和y坐标。使用三个节点来修补位置并没有在这个问题上提供太多的信息，而“伤寒”网站似乎从我这端开始就下降了。如果有人能解释在涉及4或5个星系团的复杂网络地图中x和y坐标是如何计算的，这将是非常有帮助的。

Answer 1

X和y(和z，如果你想要3D!)坐标是用“布局”计算的，ForceAtlas就是这些布局之一。您可以将布局应用于伤寒桌面版本，也可以通过使用Gephi库的Java程序以编程方式应用，可在此处获得：https://gephi.org/toolkit/

运行布局的示例：graph

然后，您可以以保留节点坐标的格式导出网络-- gexf格式是一种很好的格式。使用工具箱：graph将图形导出为gexf格式的脚本