通过Python对密码子对齐？

Question

我有一对编码的序列，我希望通过Python对进行成对的编码，我已经“完成了一半”的过程。

到目前为止.

• 利用Biopython软件包从genbank中检索同源DNA序列对。
• 我把它们转换成肽序列，然后用EMBOSS Needle程序对它们进行比对。

我想.

• 将肽序列中的间隙转移到原始DNA序列中。

问题

我希望能为程序/代码(从Python中调用)提供建议，这些程序/代码可以将排列的肽序列对之间的间隙转移到相应的核苷酸序列对的密码子上。或程序/代码，这些程序/代码可以从零开始执行成对密码子对齐。

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Answer 1

你所要做的就是把核苷酸序列分成三重奏。每一个氨基酸是一个三重态，每个间隙是三个间隙.所以在伪代码中：

for x in range(0, len(aminoacid)):
    if x != "-":
       print nucleotide[3x:3x+3]
    else:
       print "---"

Answer 2

通过添加缺失的字符，您可以将多肽映射到核苷酸：

codons = str.maketrans({'M' : 'ATG',
                        'R' : 'CGT',
                        ...,
                        '-' : '---'}) # Your missing character

peptide = 'M-R'
result = peptide.translate(codons)

然后翻译完整的序列。

Answer 3

我知道你三年前就问过这个问题了，但这篇文章是我在谷歌搜索‘密码子比对python’时发现的第一个问题。因此，我想对每个可能会遇到这种情况的人作出回应，因为他们仍然在寻找一个库来做这件事。

您可以为此使用库PyCogent。

他们在自己的网站上解释得很好：protein.html