利用生物技术提取前四位主题点击

Question

我想从一个包含tblastn搜索结果的大型XML文件中提取前四名，该文件在我的本地核苷酸数据库中搜索了多个蛋白质查询。但是，问题是，我的when设置有一些查询，结果不到四次命中，所以当我运行这段代码时：

> from Bio.Blast import NCBIXML 
   with open('/home/edson/ungulate/tblastn_result_test_xml') as tblastn_file: 
>  tblastn_records = NCBIXML.parse(tblastn_file) 
       for tblastn_record in tblastn_records:
>         if tblastn_record.alignments:
>             print tblastn_record.alignments[0].title
>             print tblastn_record.alignments[0].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[1].title
>             print tblastn_record.alignments[1].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[2].title
>             print tblastn_record.alignments[2].hsps[0]
>             print tblastn_record.alignments[3].title
>             print tblastn_record.alignments[3].hsps[0]

它运行，但在一些运行后，它说：

Traceback (most recent call last):   File
 "/home/edson/tblastn_parser_test.py", line 8, in <module>
     print tblastn_record.alignments[0].title IndexError: list index out of range

那么，我如何修改这个脚本来打印前四对齐的结果呢？期待得到回应，任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

像这样的怎么样？

from Bio.Blast import NCBIXML

with open('/home/edson/ungulate/tblastn_result_test_xml') as tblastn_file: 
    tblastn_records = NCBIXML.parse(tblastn_file) 
    for tblastn_record in tblastn_records:
        for alignment in record.alignments[:4]:
            print alignment.title
            print alignment.hsps[0]

我不熟悉生物工程，但是docs1说alignments是Alignment对象的列表。此示例获取列表中前四个元素的一部分。如果不到四个，它就会拿走所有的东西。

1- http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Blast.Record.Blast-class.html