使用python生成petsc二进制文件

Question

我正在尝试使用python创建一个PETSC二进制文件。我试图在bash上运行这个脚本，但是我得到了一个错误

$ python -c 'print file.shape\n import sys,os\n sys.path.append(os.path.join(os.environ['PETSC_DIR'],'bin','pythonscripts'))\nimport PetscBinaryIO\nio=PetscBinaryIO.PetscBinaryIO()\nfile_fortran=file.transpose((2,1,0))\n io.writeBinaryFile('my_geometry.dat',(walls_fortran.rave1()).view(PetscBinaryIO.Vec),))'

Unexpected character after line continuation character.

我知道这是因为额外的\，但我的代码似乎没有。我尝试以交互方式运行python，以便使用python -i查找代码的哪一部分是错误的。

>>> walls=open('file.dat','r+')
>>> print walls.shape()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: 'file' object has no attribute 'shape'

我对python并不熟悉，所以我知道这可能是一个明显的错误。但我似乎不知道这是怎么回事

谢谢约翰的回答。现在它已经识别了PETSC_DIR，我得到了错误

 >>> PETSC_DIR="/home/petsc-3.4.3"
 >>> sys.path.append(os.path.join(os.environ["PETSC_DIR"],"bin","pythonscripts"))

     Traceback (most recent call last):
     File "<stdin>", line 1, in <module>
     File "/usr/lib64/python2.6/UserDict.py", line 22, in __getitem__
     raise KeyError(key)
     KeyError: 'PETSC_DIR'</code>

它不识别PETSC_DIR，即使我指定了它

Answer 1

为了举例说明，让我们摘录一下bash脚本的一小部分：

python -c 'print file.shape\n import sys,os\n'

在bash单引号字符串中，如这里所示，字符"\n“表示反斜杠，后面跟着"n”。Python认为这是一个“额外的反斜杠”，即使您的意思是"\n“被解释为换行符。这就是生成类型错误的原因。

unexpected character after line continuation character

要解决这个问题，请尝试：

python -c $'print file.shape\n import sys,os\n'

Bash专门处理$'...'字符串，并将\n序列替换为新的行字符，python将了解并知道如何处理这些字符。

(由于file没有shape属性，所以上面仍然会出现错误。(下文将对此作更多介绍。)

还有其他问题。以这段节选为例：

python -c 'sys.path.append(os.path.join(os.environ['PETSC_DIR'],'bin','pythonscripts'))'

在bash引用删除之后，python看到：

sys.path.append(os.path.join(os.environ[PETSC_DIR],bin,pythonscripts))

这是行不通的，因为python需要引用PETSC_DIR、bin和pythonscripts (不管是单引号还是双引号: python都不在乎)。试一试：

'sys.path.append(os.path.join(os.environ"PETSC_DIR"，-c -c "bin"，“pythonscript”)‘

当bash看到单引号中的双引号时，就不提双引号了。因此，python将在需要的地方接收引用的字符串。

总之，在我看来，这个错误不是由您的python代码引起的，而是由bash在将它传递给python之前对您的python代码所做的。

增编:对于print walls.shape()错误( walls是文件句柄)，该错误的意思是:文件句柄不具有shape属性。您可能希望使用来自os.path.getsize(path)模块的os.path函数来获取文件大小(以字节为单位)？