do.call与多函数(x)

Question

我目前正在试图计算一个物种丰度指数，我有点被do.call命令困住了。

我有一个像这样建造的DF：

    YEAR    RN      DATE    NOM         SITE            LONG    SP                                     SUMNB    NB100
1   2011    RNN027  15056   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 02  310 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 1   0.3225806
2   2011    RNN027  15075   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 02  310 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 1   0.3225806
3   2003    RNN027  12166   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 03  330 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 2   0.6060606
4   2006    RNN027  13252   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 03  330 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 2   0.6060606
5   2006    RNN027  13257   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 03  330 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 2   0.6060606
6   2005    RNN027  12895   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 01  540 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 2   0.3703704
7   2005    RNN027  12910   ESTAGNOL    RNN027-Estagnol 01  540 Anthocharis cardamines (Linnaeus, 1758) 2   0.3703704

为了计算我的索引，我必须隔离每个站点/年组合，并使用第一个和最后一个日期来编辑它们(减去和加7天)。

我应该能够用以下命令来完成这个任务(因为要完成，所以不能工作)：

do.call(rbind, by(DF, DF[c("YEAR","SITE")], FUN = function(x) {
  tmp <- x[c(1, nrow(x)), ]
  tmpmin<-min(tmp$DATE)
  tmpmax<-max(tmp$DATE)
  tmp1<-tmp1-7
  tmp2<-tmp2+7
  return(tmp)

但是，我不知道如何完成我的命令，以适应我想要的:我需要保留修改的日期，并在每个站点/年份/SP组合之前和之后分别添加它们。重点是为所有物种的总和检测每个站点的第一个和最后一个观察日期，根据我的需要修改它们，并将它们添加到我得到的每个物种的时间重新分区中(每个“块”中有两个新行)。

我能够在每个“区块”之前和之后添加一行，并使用下面的代码使用SP条件(但该行目前是基于第一个和最后一个日期，而不是我想要的日期)：

do.call(rbind, by(DF, DF[c("YEAR","SITE", "SP")], FUN = function(x) {
  tmp <- x[c(1, seq(nrow(x)), nrow(x)), ]
  tmp$DATE[1] <- tmp$DATE[1] - 7
  tmp$DATE[nrow(tmp)] <- tmp$DATE[nrow(tmp)] + 7
  return(tmp)
}))

我的问题是，如何将这两个命令链接起来，从而成功地将包含第一个命令(SITE/YEAR)日期的行添加到第二个命令(SITE/YEAR/SP)。我试图在函数(X)命令中添加一个循环，以及另一个do.call命令，但它没有工作。

编辑：

@Troy:昨天，我成功地在我的do.call命令中添加了一个循环:我的目标是对每个站点/年组合进行子集，而不管是哪个物种。在每个子集中，我对物种之和(因为我没有这个信息)的时间分布有两个限制，我为每个物种写了一行，其中包含了我在子集中收集到的信息。我的循环在这里给我写了一个新的有N行的数据，N个种类的最小日期和最大日期(见下面)。我将进一步将这个虚拟数据与我的实际DF合并。

MIN<-data.frame(matrix(NA, nrow = 100, ncol = 9))
colnames(MIN)<-c("YEAR","RN","DATE","NOM","SITE","LONG","SP","SUMNB","NB100" )
MAX<-data.frame(matrix(NA, nrow = 100, ncol = 9))
colnames(MAX)<-c("YEAR","RN","DATE","NOM","SITE","LONG","SP","SUMNB","NB100" )
head(do.call(rbind, by(AGG100, AGG100[c("YEAR","SITE")], FUN = function(x) {

  splist<-unique(x$SP)
  lsp<-length(splist)
  for (i in 1:lsp){
  MIN$SP[i]<-as.character(splist[i])
  MIN$SITE[i]<-as.character(unique(x$SITE))
  MIN$DATE[i]<-as.character(min(x$DATE) - 7)
  MIN$RN[i]<-as.character(unique(x$RN))
  MIN$YEAR[i]<-as.character(unique(x$YEAR))
  MIN$NOM[i]<-as.character(unique(x$NOM))
  MIN$LONG[i]<-as.numeric(unique(x$LONG))
  MIN$SUMNB[i]<-0
  MIN$NB100[i]<-0
  MAX$SP[i]<-as.character(splist[i])
  MAX$SITE[i]<-as.character(unique(x$SITE))
  MAX$DATE[i]<-as.character(min(x$DATE) + 7)
  MAX$RN[i]<-as.character(unique(x$RN))
  MAX$YEAR[i]<-as.character(unique(x$YEAR))
  MAX$NOM[i]<-as.character(unique(x$NOM))
  MAX$LONG[i]<-as.numeric(unique(x$LONG))
  MAX$SUMNB[i]<-0
  MAX$NB100[i]<-0

MINMAX<- rbind(MIN,MAX)
MINMAX<-MINMAX[complete.cases(MINMAX),]  

}
return(MINMAX)
})), n=50)

YEAR     RN       DATE      NOM               SITE LONG                                                SP
1   2003 RNN027 2003-04-10 ESTAGNOL RNN027-Estagnol 01  540  Brintesia circe (Fabricius, 1775)
2   2003 RNN027 2003-04-10 ESTAGNOL RNN027-Estagnol 01  540  Carcharodus alceae (Esper, 1780)
3   2003 RNN027 2003-04-10 ESTAGNOL RNN027-Estagnol 01  540  Celastrina argiolus (Linnaeus, 1758)
4   2003 RNN027 2003-04-10 ESTAGNOL RNN027-Estagnol 01  540  Coenonympha dorus (Esper, 1782)
5   2003 RNN027 2003-04-10 ESTAGNOL RNN027-Estagnol 01  540  Coenonympha pamphilus (Linnaeus, 1758)

编辑2:它现在正在工作，谢谢你的帮助！

Answer 1

如果您的其余列6-10对于任何日期/站点组合都是相同的，那么这可以进一步简化(不需要plyr )。

require(plyr)

sp<-read.csv("sp.csv")
sp<-sp[,2:10] #(take out the ID numbers from csv)

mins<-ddply(sp,.(YEAR,SITE,SP),summarise,DATE=min(DATE))
mins<-merge(sp,mins,by=c("YEAR","SITE","DATE"))
mins$DATE<-mins$DATE-7

maxs<-ddply(sp,.(YEAR,SITE,SP),summarise,DATE=max(DATE))
maxs<-merge(sp,maxs,by=c("YEAR","SITE","DATE"))
maxs$DATE<-maxs$DATE+7

sp.new<-rbind(mins,sp,maxs)
sp.new[order(sp.new$DATE),]

   YEAR            SITE  DATE     RN      NOM   LONG                                     SP SUMNB     NB100
1  2003 RNN027-Estagnol 12159 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
7  2003 RNN027-Estagnol 12166 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
12 2003 RNN027-Estagnol 12173 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
2  2005 RNN027-Estagnol 12888 RNN027 ESTAGNOL 01 540 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.3703704
10 2005 RNN027-Estagnol 12895 RNN027 ESTAGNOL 01 540 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.3703704
11 2005 RNN027-Estagnol 12910 RNN027 ESTAGNOL 01 540 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.3703704
13 2005 RNN027-Estagnol 12917 RNN027 ESTAGNOL 01 540 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.3703704
3  2006 RNN027-Estagnol 13245 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
8  2006 RNN027-Estagnol 13252 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
9  2006 RNN027-Estagnol 13257 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
14 2006 RNN027-Estagnol 13264 RNN027 ESTAGNOL 03 330 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     2 0.6060606
4  2011 RNN027-Estagnol 15049 RNN027 ESTAGNOL 02 310 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     1 0.3225806
5  2011 RNN027-Estagnol 15056 RNN027 ESTAGNOL 02 310 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     1 0.3225806
6  2011 RNN027-Estagnol 15075 RNN027 ESTAGNOL 02 310 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     1 0.3225806
15 2011 RNN027-Estagnol 15082 RNN027 ESTAGNOL 02 310 Anthocharis cardamines (Linnaeus,1758)     1 0.3225806