Python“没有模块名为_glmnet”

Question

更新越来越近。现在，我在应该生成f2py模块的.pyf文件上运行_glmnet。

我使用以下命令构建包python-glmnet包。

python setup.py config_fc --fcompiler=gnu95         
                                           --f77flags='-fdefault-real-8'         
                                          --f90flags='-fdefault-real-8' build

但是，当我导入模块时，我会得到以下错误：

文件"/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet/glmnet.py"，第2行，在导入_glmnet ImportError:没有模块名为_glmnet

如何导入该模块？

glmnet目录还包含一个以以下内容开头的glmnet.pyf文件：

!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.

python module _glmnet ! in
    interface  ! in :_glmnet
        subroutine elnet(ka,parm,no,ni,x,y,w,jd,vp,ne,nx,nlam,flmin,ulam,thr,isd,lmu,a0,ca,ia,nin,rsq,alm,nlp,jerr) ! in :glmnet:glmnet.f
            integer optional :: ka=1 ! Use covariance updates over naive by default
            real*8 :: parm
            integer intent(hide),check(shape(x,0)==no),depend(x) :: no=shape(x,0)
            integer intent(hide),check(shape(x,1)==ni),depend(x) :: ni=shape(x,1)
            real*8 dimension(no,ni) :: x
            real*8 dimension(no),depend(no) :: y
            real*8 dimension(no),depend(no) :: w
            integer dimension(*) :: jd
            real*8 dimension(ni),depend(ni) :: vp
            integer optional,depend(x) :: ne=min(shape(x,1), nx)
            integer :: nx
            integer optional,check((flmin < 1.0 || len(ulam)==nlam)),depend(flmin,ulam) :: nlam=len(ulam)
            real*8 :: flmin
            real*8 dimension(nlam) :: ulam
            real*8 :: thr
            integer optional :: isd=1 ! Standardize predictors by default

更新

在哪里可以找到这个_glmnet模块？它是否包含在glmnet.pyf文件中，如下所示？我尝试将这个glment文件夹添加到我的PYTHONPATH中，但是这并没有改变任何事情。

~/221/tagger/tagger/glmnet master ls
__init__.py                  example_lasso_elastic_net.py glmnet.pyc
__init__.pyc                 glmnet.f                     glmnet.pyf
elastic_net.py               glmnet.py
~/221/tagger/tagger/glmnet master head -10 glmnet.pyf
!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.

python module _glmnet ! in
    interface  ! in :_glmnet
        subroutine elnet(ka,parm,no,ni,x,y,w,jd,vp,ne,nx,nlam,flmin,ulam,thr,isd,lmu,a0,ca,ia,nin,rsq,alm,nlp,jerr) ! in :glmnet:glmnet.f
            integer optional :: ka=1 ! Use covariance updates over naive by default
            real*8 :: parm
            integer intent(hide),check(shape(x,0)==no),depend(x) :: no=shape(x,0)
            integer intent(hide),check(shape(x,1)==ni),depend(x) :: ni=shape(x,1)
~/221/tagger/tagger/glmnet master echo $PYTHONPATH
/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet:
~/221/tagger/tagger/glmnet master cd ..
~/221/tagger/tagger master python main.py
Traceback (most recent call last):
  File "main.py", line 14, in <module>
    from glmnet import glmnet
  File "/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet/glmnet.py", line 2, in <module>
    import _glmnet
ImportError: No module named _glmnet

Answer 1

据我所知，从源代码中可以看出，它正在查找_gmlnet模块，该模块是在gmlnet.pyf中定义的。gmlnet.pyf不是python模块，它是一个名为f2py的程序的附加指令集，python将忽略.pyf文件。您需要使用.pyf编译f2py文件和fortran文件。使用这样的命令：

f2py -c --fcompiler=gnu95 gmlnet.pyf gmlnet.f

尝试安装f2py，然后重新安装gmlnet包。

Answer 2

在不太了解其他发生的事情的情况下，这看起来好像python不知道_gmlnet包的位置。如果还没有，请使用PYTHONPATH检查echo $PYTHONPATH环境变量的内容。如果_gmlnet目录不在那里，则需要添加它。

• 若要在PYTHONPATH中添加bash内容，请运行以下命令： export PYTHONPATH=/path/to/_gmlnet/directory:$PYTHONPATH
• 您可以通过进入交互式终端并键入 import sys print sys.path
• 最后，您可能不希望每次启动终端时都将其输入shell中。对于Mac，如果使用~/.bash_profile，请将以下内容添加到您的bash文件的末尾。确保此文件以换行符结尾。 export PYTHONPATH=/path/to/_gmlnet/directory:$PYTHONPATH