R生物导体RMA归一化探针的探针水平均值对中

Question

我有几个来自白血病和淋巴瘤患者的微阵列数据集，我已经与rma eset <- rma (Data)标准化。我想要得到探针的平均中心，我能用什么包呢？有人会推荐一个有用且健壮的脚本来应用于我的数据集吗？例如：

Data <- ReadAffy (....)  #read raw CEL files
eset <- rma (Data)       #rma normalization
expr_mat <- exprs(eset)  #get expression

这将为我的样本提供一个带有rma规范化探针的表。在这里我可以添加什么代码来获得log2探针级别的均值对中？谢谢!

Answer 1

NB rma数据已经是log2值。以下是指以探针/行为中心的虚拟数据示例：

> m=1:40
> dim(m)=c(10,4)
> m
      [,1] [,2] [,3] [,4]
 [1,]    1   11   21   31
 [2,]    2   12   22   32
 [3,]    3   13   23   33
 [4,]    4   14   24   34
 [5,]    5   15   25   35
 [6,]    6   16   26   36
 [7,]    7   17   27   37
 [8,]    8   18   28   38
 [9,]    9   19   29   39
[10,]   10   20   30   40

然后通过循环利用的魔力，一排排地

> m-rowMeans(m)

      [,1] [,2] [,3] [,4]
 [1,]  -15   -5    5   15
 [2,]  -15   -5    5   15
 [3,]  -15   -5    5   15
 [4,]  -15   -5    5   15
 [5,]  -15   -5    5   15
 [6,]  -15   -5    5   15
 [7,]  -15   -5    5   15
 [8,]  -15   -5    5   15
 [9,]  -15   -5    5   15
[10,]  -15   -5    5   15