MySQL和DBI中的Perl错误

Question

我是生物信息学专业的学生，我正在使用OrthoMCL工具使用以下命令

./orthomclLoadBlast my_orthomcl/orthomcl.config my_orthomcl/similarSequence.txt

但我知道这个错误

无法连接到数据源‘:mysqllocalinfile=1’，因为我无法确定在/home/linux/Desktop/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/../lib/perl/OrthoMCLEngine/Main/Base.pm第56行使用哪个驱动程序(它似乎不包含‘dbi: DBI_DRIVER：’前缀和DBI_DRIVER env )

DBI已经安装在我的系统中，那么为什么会出现这个错误呢？我该怎么解决呢？

Answer 1

您需要安装数据库驱动程序，以便DBI模块与数据库一起工作。在这种情况下，您似乎需要安装DBD::mysql。

OrthoMCL可能省略驱动程序名称，只使用dbi::，在这种情况下，您必须将环境变量DBI_DRIVER设置为mysql。

正确的答案必须在OrthoMCL的文档中。你读过了吗？

更新

查看orthomclLoadBlast，它看起来您的配置文件是错误的。这里有可能有人熟悉该实用程序，但您必须发布orthomcl.config才有可能获得任何有用的建议。

Answer 2

您应该使用mysql作为驱动程序：

样本：

use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:DBNAME','root','password')