如何使R渲染图更快

Question

我们正在使用R来吐出在一个闪亮的应用程序(网页)上呈现的地块(热图)。目前，我们面临的问题是R绘制一个图所需的时间，以及计算所需的时间。让我通过一个人为的例子来说明这一点。在这个基本的测试用例中，R用~17秒作为png呈现和保存一个热图文件(取出数据计算机时间:行和cols集群是预先计算的)。

我想知道是否有一个方法可以减少花费的时间，使这种情节类型的一个重要因素。也许我在其他常量计算中缺失了，它也可以从热映射函数中取出来。

谢谢!

生成数据

m1 <- matrix(rnorm(500000,mean=15,sd=4),ncol=100)
m2 <- matrix(rnorm(500000,mean=30,sd=3),ncol=100)
m <- cbind(m1,m2)
dim(m)

带全计算的基本热图

png('test_heatmap.png')
system.time(heatmap(m))

user  system elapsed 
29.327   0.637  30.526 

用热图函数做聚类:主要是测试图形渲染时间。

> system.time(hcr <- hclust(dist(m)))
   user  system elapsed 
  9.992   0.126  10.144 
> system.time(hcc <- hclust(dist(t(m))))
   user  system elapsed 
  0.659   0.002   0.662 
> system.time(ddr <- as.dendrogram(hcr))
   user  system elapsed 
  0.498   0.010   0.508 
> system.time(ddc <- as.dendrogram(hcc))
   user  system elapsed 
  0.011   0.000   0.011 

基于预计算行/集树状图的热图绘制时间

png('test_heatmap.png')
> system.time(heatmap(m,Rowv=ddr,Colv=ddc))
   user  system elapsed 
 16.128   0.558  17.171 

Answer 1

来自光栅()包的ggplot2提供了高性能的贴图。一旦进行了聚类，就可以加速热图可视化。

Answer 2

另一件需要考虑的事情是：

library(lattice)
levelplot(hclust(dist(m)))