Postgres DB无法用RJDBC连接到R

Question

我一直试图通过R从PostgreSQL DB查询数据--我尝试用几个不同的包(RODBC, RJDBC, DBI, RPostgres等)来剥掉猫的皮，但是我似乎一直在获取驱动程序错误。奇怪的是，使用相同的驱动程序/URL和设置连接SQLWorkbench/J中的Postgres时，我从来没有遇到过问题。

我尝试使用postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar和postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar，以及R中的通用"PostgreSQL"驱动程序。这两个jar文件分别是(i)与SQLWorkbench/J一起一直使用的驱动程序，以及(ii)该驱动程序的稍微更新的版本。然而，当我试图使用它时..。

drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/Users/xxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar")

我收到一个错误：

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

好的，接下来我尝试使用通用驱动程序：

drv_generic <- dbDriver("PostgreSQL")

奇怪的是，它不希望我输入用户名：

>con <- dbConnect(drv=drv_generic, "jdbc:postgresql://xxx.xxxxx.com", port=xxxx,     uid="xxxx", password="xxxx")
>Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : unused argument (uid = "xxxx")

因此，我尝试不使用user/uid：

con <- dbConnect(drv_generic，drv_generic password="paraccel")

得到一个错误..。

Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
RS-DBI driver: (could not connect jdbc:postgresql://padb-01.xxx.com:5439@local on dbname "jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com:5439")

显然语法不对？

然后，我回过头来尝试“自定义”驱动程序(以前的.jar文件之一)，但是没有指定的driverClass。

<- JDBC( classPath="/Users/xxxx/postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar") ) con <- dbConnect(drv=drv_custom1，“jdbc:postgresql://xxx.xx.com”，port=5439，uid="paraccel"，pwd="paraccel")

得到这个错误：

Error in .jcall(drv@jdrv, "Ljava/sql/Connection;", "connect", as.character(url)[1],  : 
RcallMethod: attempt to call a method of a NULL object.

我又试了一次，稍微修改了语法：

con <- dbConnect(drv=drv_custom1, url="jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com", port=xxxx, uid="xxxx", pwd="xxxxx",dsn="xxxx")

也犯了同样的错误。我也尝试了许多其他的变体/方法。我认为我的部分困惑来自这样一个事实:文档是以非常零碎的方式处理的，比如DBI包和那些构建在它之上的包(如RJDBC )，所以当我查看像?dbConnect这样的文档时，我需要指定的许多选项甚至都没有提到，而且我一直在基于与这些包/错误相关的各种谷歌搜索结果工作。

我发现一条线索建议尝试

.jaddClassPath( "xxxxx/postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar" )

首先，但这似乎没有帮助。

我还试着用

x <- PostgreSQL(max.con = 16, fetch.default.rec = 500, force.reload = FALSE)

但没有结果，我尝试了RODBC作为驱动。

更新：

我尝试使用较早版本的驱动程序(jdbc3而不是jdbc4)，重新启动R，并分离所有不必要的包。

我能把司机装上

> drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/xxxxx/xxxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc3.jar")

但我还是联系不上。

> con <- dbConnect(drv=drv_custom, "jdbc:postgresql://xxxxx.xxxxx.com", port=5439, uid="xxxxx", pwd="xxxxx")
Error in .verify.JDBC.result(jc, "Unable to connect JDBC to ", url) : 
Unable to connect JDBC to jdbc:postgresql://xxxxx.xxxx.com

Answer 1

这对我来说很管用：

library(RJDBC)
drv <- JDBC("org.postgresql.Driver","C:/R/postgresql-9.4.1211.jar")
con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://host:port/dbname", user="<user name>", password="<password>")

诀窍是将port和dbname包含在url中。出于某种原因，jdbc:postgresql似乎不喜欢从dbConnect参数中读取这些信息。

• 如果您不确定dbname是什么，那么可能是postgres。
• 如果您不确定port是什么，那么可能是5432。

所以一个典型的电话应该是这样的：

con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://10.10.10.10:5432/postgres", user="<user name>", password="<password>")

您可以从jar获得https://jdbc.postgresql.org/文件

Answer 2

对IRC进行了一些故障排除，但下面是必须发生的事情：

1. 我需要清除工作区，分离RODBC和RJDBC，然后重新启动。
2. 负载RPostgreSQL
3. 只使用通用驱动程序
4. 将语法修改为 con <- dbConnect(drv=drv_generic, "xxx.xxx.com", port=vvvv, user="ffff", password="ffff", dbname="ggg")

注意:删除jdbc:postgresql: part是关键。这在RJDBC中是必要的，但是RJDBC却是一条不必要的痛苦之路。