如何从代表环肽的字符串中生成亚肽(特殊组合)？

Question

这是我的问题:我有一个代表环状肽的序列，我试图创建一个函数来生成所有可能的子肽。当两个氨基酸之间的键被破坏时，就会产生一个亚肽。例如，肽'ABCD‘的亚肽为'A’、'B‘、'C’、'D‘、'AB’、'BC‘、'CD’、'DA‘、'ABC’、'BCD‘、'CDA’、民建联。因此，从长度为n的肽中可能产生的亚肽的数量总是n*(n-1)。请注意，并非所有这些都是来自肽('DA'，‘CDA’.)的子串。

我写了一段代码来生成组合。然而，也有一些过量的元素，如不相连的氨基酸('AC'，‘BD’.)。有没有人暗示我如何消除这些，因为肽可能有一个不同的长度，每次调用该函数？到目前为止，我的情况如下：

def Subpeptides(peptide): 
    subpeptides = []
    from itertools import combinations
    for n in range(1, len(peptide)):
        subpeptides.extend(
    [''.join(comb) for comb in combinations(peptide, n)]
    )
    return subpeptides

这是肽‘ABCD’的结果：

['A', 'B', 'C', 'D', 'AB', 'AC', 'AD', 'BC', 'BD', 'CD', 'ABC', 'ABD', 'ACD', 'BCD']

如果氨基酸代表肽的真正序列，那么氨基酸的顺序就不重要了。例如，由于D和A在环肽中有一个键，所以'ABD‘是一种有效的’民建联‘形式。

我在用Python。

Answer 1

简单地生成它们可能更容易：

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            print(looped[start:start+length])

这意味着：

>>> subpeptides("ABCD")
A
AB
ABC
B
BC
BCD
C
CD
CDA
D
DA
DAB

(如果您想要一个列表而不是打印，只需将print(...)更改为yield ...，您就有了一个生成器)。

上面所做的就是列举出第一个键可能被破坏的不同地方，然后是当下一个键在一、二或三种酸(在这种情况下)发生断裂时，你会得到的不同的产品。looped只是一种简单的方法，可以避免“循环”的逻辑。

Answer 2

错过了最后一个学期，您可以使用下面的代码

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    ls=[]
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            ls.append( (looped[start:start+length]))
    ls.append(peptide)
    return ls

Answer 3

你可以用这个

>>>aa='ABCD'
>>> F=[]
>>> B=[]
>>> for j in range(1,len(aa)+1,1):
for i in range(0,len(aa),1):
    A=str.split(((aa*j)[i:i+j]))
    B=B+A
    C=(B[0:len(aa)*len(aa)-len(aa)+1])

它给了你：

C='A'，'B'，'C'，'D'，'AB'，'BC'，'CD'，'DA'，'ABC'，'BCD'，'CDA'，‘民建联’，'ABCD‘

我希望这对我有帮助，顺便说一句，如果有兴趣的话，让我知道，我也在修课程。