有效提取R中的两两相关关系

Question

这看起来应该很简单，但我有一个数据框架，需要在trial中提取每个可能的一对trial的得分之间的相关性(换句话说，将试验10的id 1与试验10的id 2、试验10的id 1与试验10的id 3的分数进行比较，等等。示例数据帧如下所示。

id <- c('1','1','1','2', '2', '2', '3', '3', '3')
trial <- c('10','11','12','10', '11', '12', '10', '11', '12')
score<- c('634', '981','101', '621', '31', '124', '827', '404', '92')
d <- data.frame(id, trial, score)

D

 id trial score
  1    10   634
  1    11   981
  1    12   101
  2    10   621
  2    11    31
  2    12   124
  3    10   827
  3    11   404
  3    12    92

结果应该是一个具有所有可能组合的相关性的新矩阵。表面上，它是用来评估整个ids的得分可靠性。

数据大约有10000行长，这导致R堵塞。我在这里查看过论坛，并试图使用comb或outer来解决这个问题，但是被语法搞糊涂了。任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

基于@Roland的思想，但使用R基函数xtabs

> d$score <- as.numeric(as.character(d$score))
> cor(xtabs(score ~ trial + id, data=d))
            1           2         3
1  1.00000000 -0.02568439 0.5295394
2 -0.02568439  1.00000000 0.8344046
3  0.52953942  0.83440458 1.0000000

Answer 2

实现这一目标的一种方法是使用data.table。您可以使用以下方法

library(data.table)
d.t <- data.table(d)
setkey(d.t,"trial","id")

然后像这样的东西会有帮助。

temp <- cor(as.vector(d.t[J("10","1")]$score),as.vector(d.t[J("10","2")]$score))

发布后，这可能会在此周围设置一个循环，或者使用，然后将结果重新绑定到一个矩阵/数据框架中。

HTH