对非pymc样本使用pymc诊断和后验摘要

Question

我希望在不使用pymc的情况下，在生成的样本上使用pymc诊断和汇总函数。例如，我想在我自己的样本集上使用pymc的mc_error例程。

一些pymc诊断函数可以获取样本的np.array，但是，如果我正确理解，其他函数似乎需要跟踪对象。如何将自己的一组示例转换为pymc可以处理的跟踪对象？我希望你能给我指点。

我的样本目前存储在字典中，其中每个键都是我要抽样的变量的名称，并指向样本的np.array。

谢谢!

Answer 1

你是在说batchsd函数吗？这就是计算PyMC 2中MC错误的方法。它位于pymc.database.base模块中，真的可以在任何数组上使用。

pymc.diagnostics模块包含所有收敛诊断函数，并且应该处理numpy数组。

Answer 2

作为未来的参考，一些PyMC* devs正在推出一个名为ArviZ的独立软件包，该软件包包括诊断和可视化MCMC样本等功能。截至2018年秋季，它仍处于大规模开发阶段，但它们目前正在与xarray格式合作，后者是熊猫处理张量格式数据的扩展。