Django中Importr的预压

Question

是否有一种方法可以预加载rpy2与之对话的R实例的库？我花费了25%-30%的响应时间(大约每个图表的.5s )用于点阵或格栅设备的重要调用，如果可能的话，我想要减少。

代码片段：

grdevices = importr('grDevices')
importr('lattice')

imagefile = File(open('1d_%s.png' % str(uuid4()), 'w'))
grdevices.png(file=imagefile.name, type='cairo',width=400,height=350)

rcmd="""
print(
    xyplot(yvec~xvec,labels=labels,type=c('p','r'),
            ylab='%s',xlab='%s'
            )
)"""% (y_lab, x_lab)
robjects.r(rcmd)
grdevices.dev_off()

imagefile.close()

如果我不调用importr(“格”)，robjects.r会在“xyplot(.我晚点再打电话。我可以使用R_PROFILE或R_ENVIRON_USER来加速点阵和格栅设备的调用吗？

Answer 1

importr是一个相当高水平的功能，交易性能为易用性.除了加载一个R包之外，它还做了很多事情。它还将包中的所有R对象映射到Python (rpy2)对象。在脚本中执行importr('lattice')时，如果不使用结果，就会失去这种努力。

除此之外，在R本身中导入包也不是没有代价的(对于具有S4类定义的更大的R包，当脚本很短时，您可能会注意到这一点)。rpy2对此无能为力。

使用R变量(如R_PROFILE )是可能的，但在最近之前，默认情况下没有启用这一点。如何在SO (这里)上启用它。

现在，importr只占用了响应时间的25%。专注于此的优化工作将无法使其速度超过25% (这是一个非常乐观的限制)。在此之后，将数据插入字符串以作为R代码进行计算并不是最优的(正如rpy2文档中警告的那样)。考虑通过rpy2调用R函数，将数据作为导出缓冲区接口的任何东西传递(例如)。