活性氧和建议的包装

Question

我正在用roxygen2开发一个包，其中包括许多基于lattice的可视化。对于使用包来说，这些都很好，但并不是必需的，因此lattice列在DESCRIPTION文件的Suggests:部分而不是Depends:部分中。

但是，我还没有弄清楚如何在用户请求时以一种既传递lattice又传递lattice的方式加载roxygenize()。以下两种方法都使lattice看起来像是一个未声明的依赖项，并将返回下面的错误。

##' @import lattice
{}

##' Visualization
##'
##' @param x Data.
##' @param y More data.
##' @export
vizz <- function(x, y){
    xyplot(y ~ x)
}

和

##' Visualization
##'
##' @param x Data.
##' @param y More data.
##' @export
vizz <- function(x, y){
    library(lattice)
    xyplot(y ~ x)
}

两者都给出了相同的错误

$ R CMD check dummy.roxygen

* using log directory ‘/###/dummy.roxygen.Rcheck’
* using R version 3.0.2 (2013-09-25)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘dummy.roxygen/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘dummy’ version ‘1.0-0’
* package encoding: UTF-8
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... ERROR
Namespace dependencies not required: ‘lattice’

See the information on DESCRIPTION files in the chapter ‘Creating R
packages’ of the ‘Writing R Extensions’ manual.

由于搜索"roxygen“与”建议“、”依赖“和”导入“相结合，返回大量不相关的点击，我已经寻找了相当一段时间的答案，但没有成功。同时，我已经将lattice和其他一些不错但不重要的包作为依赖项列出，但是现在当我准备发布包时，我想用正确的方式解决它。

Answer 1

这个建议(在2013年我第一次写这个答案的时候)是在一个条件语句中给require的。现在，在2016年，正式建议将使用::并让R打印there is no package called X错误：

##' Visualization
##'
##' @description Visualize the data. \pkg{\link{lattice}} package required.
##' @param x Data.
##' @param y More data.
##' @seealso \pkg{\link{lattice}}
##' @export
vizz <- function(x, y){
    lattice::xyplot(y ~ x)
}

并且只将Suggests: lattice保存在DESCRIPTION中(NAMESPACE中没有import )。

如果要自定义错误消息，现在可以在条件语句中使用requireNamespace(lattice)，如：

vizz <- function(x, y){
    if (! requireNamespace("lattice", quietly = TRUE)) {
        stop("Please install lattice: install.packages('lattice')")
    lattice::xyplot(y ~ x)
}

Answer 2

我不知道是什么导致了我的问题，但是在朱巴的帮助下，经过一些调试，我已经在这个问题上提出了正确的解决方案。处理漂亮但不重要的包的正确方法是在Suggests:文件的DESCRIPTION部分列出它们，并使用roxygen按下面的方式标记它们。

##' Visualization
##'
##' See \code{\link[lattice]{xyplot}} for details.
##'
##' @param x Data.
##' @param y More data.
##' @export
vizz <- function(x, y){
    library(lattice)
    xyplot(y ~ x)
}

这将不会在安装/附加我的包时自动安装或附加lattice，而只是在执行函数时不能附加lattice时抛出一个错误。