对嵌套数据使用glmer

Question

我有数据，病原体的多样性，感染了一个特定的寄主物种横跨纬度。该设计涉及收集20个人在3个地点，在4个不同纬度的位置，因此我有20个个体，嵌套在3个地点，嵌套在4个地点。

鉴于我的病原体多样性数据是带有多个零的计数数据，所以我一直在探索使用带有R中的lme4::glmer命令的GLMM来分析数据。对于分析，我想将纬度看作一个数字固定因子，而站点作为一个与位置嵌套的随机因子。

对于我的整个模型，我已经设置了如下命令：

glmer(pathogen.richness~latitude+(site|location),data=my.data,
      family="poisson")

这是我描述的正确语法吗？

谢谢!

Answer 1

你可能想

glmer(pathogen.richness~latitude+(1|location/site),
     data=my.data,family="poisson")

但是，您可能会遇到一些问题，试图将位置的随机效应与仅4个位置相匹配，所以您可能更喜欢

glmer(pathogen.richness~latitude+location+(1|location:site),
     data=my.data,family="poisson")

(尽管位置在概念上是一种随机效应，但将其作为一种固定效应进行拟合可能更实用)。

不要忘记检查过分散度；处理此问题的一种方法是添加观察级随机效应：

transform(my.data,obs=factor(seq(nrow(mydata)))
update(prev_model,.~.+(1|obs))

有关更多信息，请参见GLMM常见问题和part1.pdf。