Python，生物信息学查询

Question

我对python很陌生，我想知道我正在尝试的东西是否可能。我在这里有一段DNA比对，我想知道是否每个位置的一个缺口"-“在底部，我可以识别的核苷酸在顶端线。在这里，我希望返回"G“。

到目前为止，我的努力没有取得成功。调整的方向是：

ATTCAGGCCTAGCA
:::::  :: ::::
ATTCAA-CCAAGCA

我很感谢你的帮助！

Answer 1

由于我没有关于数据格式的任何信息，我将告诉您一般过程。用第一行和最后一行分别创建两个列表(我认为是对齐的，长度相同)，并对它们进行迭代。在每一步中，验证最后一个数组中当前位置上的字符是否为“-”，如果是，则从其他数组中打印该字符。

Answer 2

不确定数据是如何保存的。假设它是一个元组中的两个长度相等的字符串：

dna_pair = ('ATTCAGGCCTAGCA','ATTCAA-CCAAGCA')

然后你可以试着：

def find_align(dna_pair):
    for i in range(len(dna_pair[0])):
        if dna_pair[1][i] == '-':
            return dna_pair[0][i]

Answer 3

above = 'ATTCAGGCCTAGCA'
below = 'ATTCAA-CCAAGCA'
gap_letters = [above[i] for i,j in enumerate(below) if j=='-']