Networkx解析gml写入不可用的gml文件

Question

我一直试图解析networkx的一些附加属性，以供以后使用，并且遇到了一个问题。

当从Cytoscape给出gml文件时，networkx输出自己无法读取的gml文件。

例如，将->转换为networkx ->输出->到networkx ->错误：

pyparsing.ParseException: Expected "]" (at char 1116756), (line:71732, col:3)

现在，该错误在节点之后请求一个额外的] (AKA使图形忽略边缘)，如果这样做，则该图可以工作。然而，它不再有任何边缘。

为了全面测试这一点，我完成了“->到networkx ->输出”，而没有更改代码，只是：

DG = nx.read_gml("KeggComplete.gml", relabel = True)
nx.write_gml(DG, "KeggCompleteEng.gml")
exit()

然后用以下内容阅读：

BasicGraph = nx.read_gml("KeggCompleteEng.gml", relabel = True)

而且这个错误仍然是可复制的。因此，我认为这与networkx编写gml文件的方式有关。

我使用的两个文件是：

• 原作自赛多海角
• Networkx输出

如果有人能给一些洞察力，为什么会发生这种情况，这将是最感谢的！

Answer 1

在生成嵌套属性(在本例中为边缘图形数据)时，这是NetworkX中的一个错误。一组额外的引号被错误地添加到"Line“属性中。

修复程序已经合并为这个拉请求的一部分：https://github.com/networkx/networkx/pull/981

Answer 2

当解析错误发生时，parsing不是最聪明的库。最近版本的库确实支持一些更好的错误识别，但它们需要对解析器进行一些更新才能获得这些信息。

在没有看到解析器的情况下，从您的描述来看，解析器似乎希望看到如下所示：

[
  [
  bunch of nodes...
  ]
  [
  optional bunch of edges...
  ]
]

所发生的情况是，它成功地通过了“节点束.”，然后在“可选的边束.”中的一个边中发现了一些语法问题.部分。因为这是可选的，所以只要节点后面有一个关闭的“]”，事情仍然是有效的。这就是为什么你会得到那个异常解析消息。但真正的问题是，其中一个边有一个错误。

要诊断这一点，请尝试给解析器提供最初的几个边。然后继续添加越来越多的边，直到得到pyparsing -最近添加的边包含关键的语法错误。