用python生成动态自定义图

Question

我目前正在进行一个项目，在那里我需要生成一个定制的图形(以下是一些例子)。这些图表基于DNA或蛋白质对齐，其中x轴是DNA或蛋白质序列中的位置，字母的高度是在该位置出现的碱基或氨基酸的频率。我可以做所有的计算，但这是我第一次尝试制作图形，甚至不知道从哪里开始搞清楚如何制作这个。任何帮助都是受欢迎的，这个项目需要在python (生物信息学世界的当前炒作)中进行。

Answer 1

您应该检查与(序列)主题搜索相关的程序。

Biopython有一个用于此目的的模块。

此外，您也可以检查LaiaMotifs的来源(在这里作者)，这是针对肽，但可以很容易地适应DNA。

这是您可以通过LaiaMotifs获得的一个典型图：

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为了回答你关于策略的问题，LaiaMotifs对每个氨基酸都使用了一个图像。然后计算每个位置的频率，并根据这些值调整图像的大小。每个职位都是一列字母。最后，将图中的所有列连接起来。对于所有这些图像处理，您都使用PIL库。

Answer 2

查看python的matplotlib

http://matplotlib.org/