如何将我的床罩和fam文件按家庭ID在plink中分割？

Question

我想把我的床，双份和fam文件按家庭身份证分在plink里。例如，我可以通过输入染色体来做到这一点：

p-link --bfile datafile1 --chr 1 --make-bed --out datafile2

这就为1号染色体制作了一个单独的床、双和fam文件。

但是，在我的fam文件中，我有几个不同的家庭ID，我想将文件拆分。例如

Family 1 TS11339 0 0 2 -9
Family 1 TS11233 0 0 2 -9
Family 2 TF99288 0 0 2 -9
Family 2 YJ22997 0 0 2 -9
Family 3 YF00277 0 0 2 -9
Family 3 YY92779 0 0 2 -9

我想要家庭1床-.bim和-.bam，家庭2床-.bim和-.bam等等。

我该怎么做？(对知识贫乏感到抱歉-刚刚开始使用plink)。

Answer 1

我想出来了，你可以按下面的方式做：

P-链接-bfile datafile1 --保持LIST1.txt -卧床

其中，LIST1.txt是家庭ID和个人的列表。因此，如果您想提取家族1，则LIST1.txt将包括：

家族1 TS11339 家族1 TS11233

更多信息可在plink网站上找到。

Answer 2

以下命令应该将UNIX上的plink数据集拆分：

for fam in $(awk '{print $1}' datafile1.fam | sort | uniq); do echo $fam | plink --bfile datafile1 --keep-fam /dev/stdin --make-bed --out $fam; done

Answer 3

简单一点: plink -保持-法姆。