R:用hclust绘制较小的集群

Question

我有250个对象，我使用h <- hclust(distance.matrix, method = "single")来获得一个hclust对象。如果我绘制来自h的树状图，它只是一个混乱，因为有太多的对象和标签只是被挤压在一起。

假设我对特定的集群群感兴趣

现在，我知道我们可以使用cutree将一棵树(例如，由于hclust产生的树)通过指定所需的组数而分成几个组。

但是，如何分别得到R中较小的簇群的树状图呢？

Answer 1

您可以将hclust对象转换为dendrogram并使用cut (详见?cut.dendrogram )：

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc)

​

​

## cut at height == 100
d <- cut(as.dendrogram(hc), h=100)
## cut returns a list of sub-dendrograms
d
#$upper
#'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 152.314 
#
#$lower
#$lower[[1]]
#'dendrogram' with 2 branches and 16 members total, at height 77.60502 

#$lower[[2]]
#'dendrogram' with 2 branches and 34 members total, at height 89.23209 

par(mfrow=c(1, 2))
plot(d$lower[[1]])
plot(d$lower[[2]])
par(mfrow=c(1, 1))

​

​