用parfor并行嵌套循环计算对称距离矩阵

Question

我试图计算两个结构对象之间的成对距离。这个距离是对称的。我在数组中有大约N= 8000这样的对象。

所以我只需要计算N* (N+1)/2距离。既然每个计算都是独立的，那么我如何并行化这个计算呢？

这里，我的对象存储在数组X中，我希望将这些距离存储在大小为N*(N+1)/2的数组A中。BDHMM()是一个返回两个对象之间距离的函数。

我已经尝试了以下Matlab代码。

N = 8000;
load inithmm.mat
size = N*(N+1)/2;
A = zeros(size,1);

matlabpool open local 4
  parfor i = 1:N-1
    i
    T = [];
    for j = i:N
      if(j == i)
          temp = 0;
      else
          temp = BDHMM(X(i),X(j));
      end
      T = [T; temp];
    end

    beg = size - (N + 1 - i)*(N + 2 - i)/2 + 1;
    l = length(T);
    A(beg:beg+l-1, 1) = T;
  end
matlabpool close

我得到了以下错误：

Error: The variable A in a parfor cannot be classified.

请帮帮忙。

Answer 1

你不能刺杀你计算的索引使用parfor，Matlab需要事先知道哪些部分的矩阵将通过女巫迭代刺杀。如果你想一想，这是有道理的。

这应该能解决这个问题：

N = 800;
size = N*(N+1)/2;
A = cell(N,1);
matlabpool open local 4
  parfor i = 1:N-1
    i
    T = zeros(N-i+1,1);
    for j = i:N
      if(j == i)
          T(j-i+1) = 0;
      else
          T(j-i+1) = BDHMM(X(i),X(j));
      end
    end

    A{i, 1} = T;
  end

matlabpool close
B=vertcat(A{:})