二叉树比较从叶子到根python ete2工具的节点特性

Question

我有一棵二叉树

       root
     /     \
    g      h
   / \    / \
 d   a   e   f
 / \
b   c

每个节点都具有“seq”特性，它存储每个节点('AACCGGT')的dna序列。

两个姐妹都是叶子(b，c和e，f)，她们每人都有一个分数(浮动)，我想要的是：

• 与其姐姐b.score与c.score评分的比较
• d.score = max (b.score，c.score)
• e、f和h相同
• 将a.seq与d.seq ==> d进行比较，e将得到一个分数。
• g.score max (e.score，a.score) .直到到达根NOte:每个叶节点都有“模型特征”，我将b.seq与基于b.model的c.seq、==>I got b.score、基于c.model ==>的==>进行了比较，得到了c.score

这是我编写的函数，但我不确定它是否能实现我想要的功能，而且我无法测试它，因为我还没有align_trna函数

def affect_score(n)：

if (n.score)==0:
            n.score,n.model=affect_score(n.get_children()[0])
        result=n.score
        model=n.model
        if not n.is_root():
            sis=n.get_sisters()[0]
            if sis.score==0:
                sis.score,sis.model=affect_score(sis.get_children()[0])
                n.score=align_trna(n.seq,sis.seq,n.model)
                sis.score,sis.model= align_trna(nseq, sis.seq,sis.model)
                if n.score < sis.score:
                        result=sis.score
                        model=sis.model

        return result,mode

我

有人能通过告诉我是否在思考写作来帮助我吗？请注意，这是我第一次使用树数据结构和递归，谢谢您的任何建议。

Answer 1

好的，让我们来回顾一下递归的一些内容。

在执行递归函数时，首先要编写的是“退出条件”(在某个时候终止递归的内容)。在您的示例中，退出条件应该引用树的叶节点，它应该类似于：

if len(n.get_childreen())==0:
    return n.score

然后，对于每一个其他节点，您应该进行计算：

child_score = max(affect_score(n).get_children()[0], affect_score(n).get_children()[1])
seq = compare_seq(n.seq, n.get_sisters()[0].seq)
n.score = max(child_score, seq)

那么你也想在根上有一个特殊的条件，因为它没有姐妹：

if n.is_root():
   n.score = max(affect_score(n).get_children()[0], affect_score(n).get_children()[1])

最后看起来应该是：

def affect_score(n):
    if len(n.get_childreen())==0:
        return n.score
    if n.is_root():
       n.score = max(affect_score(n).get_children()[0], affect_score(n).get_children()[1])
    else:
       child_score = max(affect_score(n).get_children()[0], affect_score(n).get_children()[1])
       seq = compare_seq(n.seq, n.get_sisters()[0].seq)
       n.score = max(child_score, seq)

这就是我理解你想要做的！您需要添加compare_seq()，这是应该比较这两个序列的方法，并且可能会使某些内容适应您的代码。但从理论上讲，这几乎是正确的。