在Oracle/Sun GridEngine中执行bash脚本

Question

我有一个脚本，它首先定义一系列变量，然后再使用这些变量运行一个程序。但是，脚本正在从Grid Engine中被拒绝(它在工作站上工作，但作为数组作业的一个组件，它需要通过SGE运行)，因为变量被读取为命令，从而产生“命令未找到”响应。

使用以下方法完全再现了该错误：

#!/bin/bash
#$ -M not.real@email.address
#$ -m be
#$ -o /scratch/MScGWAS/Output
#$ -e /scratch/MScGWAS/Errors
#$ -q long.q
#$ -cwd
CHR=$1
CHUNK_START=`printf "%.0f" $2`
CHUNK_END=`printf "%.0f" $3`

输出示例：

CHR=1: Command not found.
CHUNK_START=1: Command not found.
CHUNK_END=5000000: Command not found.

如何让GridEngine使用bash作为此脚本的解释器？

Answer 1

听起来，网格引擎集群配置了posix_compliant模式下的队列，/bin/csh作为默认shell。在posix_compliant模式下，初始#！将被忽略，您需要通过命令行开关或使用适当的#$指令指定shell。将以下行添加到脚本中应该有效：

#$ -S /bin/bash

Answer 2

您不是用bash执行脚本，而是使用不同的shell (例如tcsh)执行脚本。