Mathematica SimilarityRules

Question

在Mathematica的选项中，SimilarityRules http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SimilarityRules.html for SequenceAlignment http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SequenceAlignment.html是一种可能，可以推送类似于"BLAST“、"BLOSUM62”、"BLOSUM80“、"PAM30”、"PAM70“、"PAM250”之类的简单矩阵。如果我想用自己的呢？是否必须为每个字母组合定义{{a_，a_}->1，{a_，b_}->-1}等？？或者，除了导入外，是否有可能编写自己的矩阵并将其存储为一个矩阵呢？使用mathematica矩阵来定义这样的对象，最快的选择是什么？

任何帮助都将不胜感激，

干杯，先生。

Answer 1

我在“BLOSUM”(命名的相似规则矩阵之一)上做了一个grep，以查看它的定义，并希望发现实现它的机制。我发现它似乎是在一个名为SimilarityScoreMatrices.mx的文件中定义的，它是一个二进制数学文件，大致相当于编译语言中的一个对象文件。我还查找了其中有“BLOSUM”的文件，但没有发现任何文件。这一切都是说，Wolfram似乎不打算延长这些名字，因为如果它们这样做了，这种机制可能会在文档中发现，或者至少通过我的搜索方式。

然而，你仍然可以做你想做的事。如果构建规则列表，则可以使用DumpSave[]将其写入二进制图像，并使用Get[]将它们读取回。

最后一个注意事项是，SimilarityRules看起来非常像Mathematica的SparseArray规则。如果我发现命名的相似规则矩阵实际上只是SparseArrays，我就不会感到惊讶了。它可能是，你没有失去任何效率，传递规则的数学是如何处理矩阵。它甚至可能是您可以传入一个SpareArray，但它不是以这种方式记录的，我也没有尝试过。