“R中的社交网络分析实验室”(斯坦福教程)：图对象/网络类的混淆

Question

如果这个问题看起来是多余的，我很抱歉，但是我开始为一个类使用R及其SNA工具，并且已经运行了几个不同的教程/实验室来适应。经常被推荐的资源是斯坦福的SNA实验室，但是即使只是运行入门实验室也会返回一些让我感到困惑的错误。带有注释的完整R代码可在这里获得：

http://sna.stanford.edu/lab.php?l=1

第一部分是相当直截了当的，我理解on.But中的大部分内容，一旦我尝试向图中添加顶点属性(第236行)，我就会遇到我们刚刚创建的图形对象"krack_full“的问题。运行这个..。：

for (i in V(krack_full)) {
    for (j in names(attributes)) {
        krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, 
                                           j, 
                                           index = i, 
                                           attributes[i + 1, j])
    }
}

..。返回以下内容：

Error in set.vertex.attribute(krack_full, j, index = i, attributes[i +  : 
  unused argument (index = i)

所以我认为，好吧，使用他们概述的第二种方法，然后继续下去：

attributes = cbind(1:length(attributes[,1]), attributes)
krack_full <- graph.data.frame(d = krack_full_nonzero_edges, 
+ vertices = attributes) 

它似乎工作得很好，只是它确实创建了一个名为“(1:长度(属性，1)”的属性.

> summary(krack_full)
IGRAPH DN-- 21 232 -- 
attr: name (v/c), 1:length(attributes[, 1]) (v/n), AGE (v/n), TENURE (v/n), LEVEL (v/n), DEPT
  (v/n), advice_tie (e/n), friendship_tie (e/n), reports_to_tie (e/n)

所以一切都已经很奇怪了。最后，当我在下一步尝试获取顶点属性时，会遇到一些有关对象类的错误：

> get.vertex.attribute(krack_full, 'AGE')
Error in get.vertex.attribute(krack_full, "AGE") : 
  get.vertex.attribute requires an argument of class network.
> get.vertex.attribute(krack_full, 'TENURE')
Error in get.vertex.attribute(krack_full, "TENURE") : 
  get.vertex.attribute requires an argument of class network.
> get.vertex.attribute(krack_full, 'LEVEL')
Error in get.vertex.attribute(krack_full, "LEVEL") : 
  get.vertex.attribute requires an argument of class network.
> get.vertex.attribute(krack_full, 'DEPT')
Error in get.vertex.attribute(krack_full, "DEPT") : 
  get.vertex.attribute requires an argument of class network.

..。从现在起，几乎没有任何事情能像我想象的那样工作。因此，我怀疑导入数据的图形对象"krack_full“不知何故不应该是.？

再次，如果这是我犯的一个完全的新手错误，我很抱歉，但是如果你能给我指明正确的方向，我会非常感激。我想更好地了解这是怎么回事。

非常感谢。

Answer 1

我强烈怀疑您试图遵循的教程是为iGraphVersion0.5.4或更早版本开发的。在那个时候，igraph对象中的顶点和边被索引为零而不是1，从本教程中的以下评论判断，本教程似乎解释了这一点：

# IMPORTANT NOTE: Unlike in most languages, R objects are numbered
# from 1 instead of 0, so if you want the first element in a
# vector, you would reference it by vector_name[1]. HOWEVER,
# igraph objects are numbered starting from 0. This can lead to 
# lots of confusion, since it's not always obvious at first which 
# objects are native to R and which belong to igraph.

因为iGraph0.6，这不再是真实的；与其他所有行为良好的R对象一样，igraph接口中的顶点和边都是从1索引的。这里有两个选项(除了要求本教程的作者为iGraph0.6更新它之外)：

1. 您可以修改教程中的命令，以确保每个顶点和边缘索引都是基于1的；也就是说，如果它们出于某种原因从索引中减去1，只需省略减法，类似地，如果它们将1添加到索引的某个位置，则省略添加。这也是一种检查您是否真正理解您正在做的事情的好方法:)
2. 使用igraph0包而不是igraph。igraph0包与igraph是完全相同的，但是使用基于零的索引来确保旧的ensure代码在过渡期间仍然可以使用。但是，您应该继续在新的分析项目中使用igraph。

Answer 2

对于函数

get.vertex.attribute 

尝试新功能

vertex_attr 

相反，