mpirun --cpu设置与

Question

我想要准确地将我的MPI进程绑定到(物理)核心的列表中。我指的是mpirun的以下几点--帮助输出：

   -cpu-set|--cpu-set <arg0>  
                         Comma-separated list of ranges specifying logical
                         cpus allocated to this job [default: none]

..。

   -rf|--rankfile <arg0>  
                         Provide a rankfile file

我的处理器的拓扑如下：

-------------------------------------------------------------
CPU type:       Intel Core Bloomfield processor 
*************************************************************
Hardware Thread Topology
*************************************************************
Sockets:        1 
Cores per socket:       4 
Threads per core:       2 
-------------------------------------------------------------
HWThread        Thread          Core            Socket
0               0               0               0
1               0               1               0
2               0               2               0
3               0               3               0
4               1               0               0
5               1               1               0
6               1               2               0
7               1               3               0
-------------------------------------------------------------
Socket 0: ( 0 4 1 5 2 6 3 7 )
-------------------------------------------------------------

现在，如果我使用mpirun -np 2启动我的程序--cpu-set 0,1 --报告绑定。/求解器程序正常启动，但不考虑我提供的--cpu-set参数。另一方面，用mpirun -np 2启动程序

[neptun:14781] [[16333,0],0] odls:default:fork binding child [[16333,1],0] to slot_list 0
[neptun:14781] [[16333,0],0] odls:default:fork binding child [[16333,1],1] to slot_list 1

实际上，与top的检查向我展示了mpirun实际上使用指定的核心。但是我应该如何解释这个输出呢？除了主机(尼泊尔图)和指定的插槽(0,1)，我不知道。与我尝试过的其他命令一样：

$mpirun --np 2 --bind-to-core --report-bindings ./solver
[neptun:15166] [[15694,0],0] odls:default:fork binding child [[15694,1],0] to cpus 0001
[neptun:15166] [[15694,0],0] odls:default:fork binding child [[15694,1],1] to cpus 0002

和

$mpirun --np 2 --bind-to-socket --report-bindings ./solver
[neptun:15188] [[15652,0],0] odls:default:fork binding child [[15652,1],0] to socket 0 cpus 000f
[neptun:15188] [[15652,0],0] odls:default:fork binding child [[15652,1],1] to socket 0 cpus 000f

使用--bind-to-core，时，top命令再次向我显示使用了核心0和1，但是为什么输出cpus 0001和0002？--bind-to-socket会造成更多的混乱: 2x 000f

我用最后一段来总结我的实验中提出的问题：

• 为什么我的--cpu设置命令不能工作？
• 如何解释--report-bindings输出产生的输出？

引用CPU-拓扑是用LIKWID性能工具读出的，更准确地说是使用likwid-topology.LIKWID是在GPL-3.0许可下授权的，请参阅他们的GitHub以获得更多信息。

Answer 1

在这两种情况下，输出都与您让Open执行的操作完全匹配。cpus ...中的十六进制数显示了进程允许的CPU(亲和掩码)。这是一个位字段，每个位代表一个逻辑CPU。

使用--bind-to-core，每个MPI进程都绑定到自己的CPU核心。秩0 ([...,0])的关联掩码设置为0001，这意味着逻辑CPU 0。等级1 ([...,1])的关联掩码设置为0002，这意味着逻辑CPU 1。逻辑CPU编号可能与输出中的HWThread标识符与拓扑信息相匹配。

使用--bind-to-socket，每个MPI进程都绑定到套接字的所有核心。在您的特殊情况下，关联掩码设置为000f，或二进制的0000000000001111，它对应于套接字中的所有四个核心。每个核心只分配一个超级线程。

您可以进一步指导Open如何选择多个套接字节点上的套接字。在--bysocket中，套接字是以循环方式选择的，即第一级放置在第一个套接字上，下一个等级放在下一个套接字上，等等，直到每个套接字有一个进程，然后下一个顺序又放在第一个套接字上，依此类推。对于--bycore，每个套接字接收的连续级别与该套接字中的核数一样多。

我建议您阅读OpenMPI1.4.x的mpirun手册，特别是过程绑定部分。有一些例子说明了不同的绑定选项是如何相互作用的。手册中没有提到--cpu-set选项，尽管Jeff在开放MPI中的处理器关联特性上写了一个很好的页面(大约是1.5，但大多数(如果不是全部)也适用于v1.4 )。