ELKI COPAC实施

Question

我试图在官方站点(mouse.csv)提供的示例数据集上运行COPAC实现，但是我得到了一个NullPointerException，这使我认为有一些细节是我忽略的(对我来说是可耻的)。

例外情况如下：

任务失败在de.lmu.ifi.dbs.elki.database.ids.integer.DoubleDistanceIntegerDBIDPair.compareByDistance(Unknown源)在de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distanceresultlist.AbstractKNNHeap$Comp.compare(Unknown源)在de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distanceresultlist.AbstractKNNHeap$Comp.compare(Unknown源)在de.lmu.ifi.dbs.elki.utilities.datastructures.heap.TopBoundedHeap.add(Unknown源)在de.lmu.ifi。( dbs.elki.database.query.knn.LinearScanRawDoubleDistanceKNNQuery.getKNNForObjectBenchmarked(Unknown来源)在de.lmu.ifi.dbs.elki.database.query.knn.LinearScanRawDoubleDistanceKNNQuery.getKNNForObject(Unknown来源)在de.lmu.ifi.dbs.elki.database.query.knn.LinearScanRawDoubleDistanceKNNQuery.getKNNForDBID(Unknown源头)在de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.KNNQueryFilteredPCAIndex.objectsForPCA(Unknown源头)在de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.KNNQueryFilteredPCAIndex.de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.AbstractFilteredPCAIndex.preprocess(Unknown源( de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.AbstractFilteredPCAIndex.getLocalProjection(Unknown Source)，de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.AbstractFilteredPCAIndex.getLocalProjection(Unknown源(de.lmu.ifi.dbs.elki.index.preprocessed.localpca.AbstractFilteredPCAIndex.getLocalProjection(Unknown Source) ) sun.reflect源( de.lmu.ifi.dbs.elki.algorithm.clustering.correlation.COPAC.run(Unknown Source)。sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) at de.lmu.ifi.dbs.elki.algorithm.AbstractAlgorithm.run(Unknown Source( de.lmu.ifi.dbs.elki.workflow.AlgorithmStep.runAlgorithms(Unknown Source)

这是我使用的参数的设置：

-dbc.in路径省略/mouse.csv

-algorithm clustering.correlation.COPAC

-copac.preprocessor localpca.KNNQueryFilteredPCAIndex

-copac.partitionAlgorithm gdbscan.GeneralizedDBSCAN

-dbscan.epsilon 0.00400000

-dbscan.minpts 3

有人能告诉我一些信息吗？

Answer 1

必须为kNN本地PCA指定k参数：

-localpca.k 10

在上一个ELKI发行版中有一个小错误，其中参数被错误地标记为可选参数。这不是可选的。注意，k应该比数据维数大得多，才能给出稳定的PCA结果。

注意，在低维数据集(如鼠标示例)上使用COPAC是没有意义的。