Python读取SDF (化学)文件

Question

我想读取sdf文件(包含许多分子)并返回该分子的加权邻接矩阵。原子应视为顶点，键应视为边缘。如果i和j顶点通过单键、双键或三重键连接，则邻接矩阵中相应的条目分别为1、2和3。我需要进一步得到每个顶点的距离向量，其中列出了不同距离上的顶点数。

是否有任何python包可用于此操作？

Answer 1

我建议使用皮贝尔来读取和操作Python中的SDF文件。要获得键合信息，您可能还需要使用功能更全但较少的pythonic openbabel模块，它可以与Pybel (作为pybel.ob)一起使用。

首先，您可以编写如下内容：

import pybel

for mol in pybel.readfile('sdf', 'many_molecules.sdf'):
  for atom in mol:
    coords = atom.coords
    for neighbor in pybel.ob.OBAtomAtomIter(atom.OBAtom):
      neighbor_coords = pybel.atom(neighbor).coords

Answer 2

看见

http://code.google.com/p/cinfony/

然而，对于您的确切问题，您需要查阅文档。