如何操作R varImpPlot中的y轴文本标签？

Question

以下示例与我的数据集相似：

require(randomForest)

alpha = c(1,2,3,4,5,6)
bravo = c(2,3,4,5,6,7)
charlie = c(2,6,5,3,5,6)
mydata = data.frame(alpha,bravo,charlie)

myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)

varImpPlot(myrf, type = 2)

我似乎无法控制y轴标签在varImpPlot中的位置.我试图改变情节参数(例如mar，oma)，但没有成功。我需要的y轴标签转移到左边，以产生一个PDF与适当的标签放置。

如何将y轴标签向左移动？

Answer 1

我尝试使用adj参数，但它产生了一个bug。作为varImpPlot，在后面使用dotchart，这里是使用格子dotplot的版本。然后可以使用scales参数自定义axs。

imp <- importance(myref, class = NULL, scale = TRUE, type = 2)
dotplot(imp, scales=list(y =list(cex=2,
                                       at = c(1,2),
                                       col='red',
                                       rot =20,
                                       axs='i') ,
                               x =list(cex=2,col='blue')) )

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Answer 2

您可以从myref中提取构建绘图所需的数据，并使用ggplot构建一个绘图。这样你就有了更多的自由来调整情节。以下是一些例子

library(ggplot2)

str(myrf)
str(myrf$importance)
data <- as.data.frame(cbind(rownames(myrf$importance),round(myrf$importance[,"IncNodePurity"],1)))
colnames(data) <- c("Parameters","IncNodePurity")
data$IncNodePurity <- as.numeric(as.character(data$IncNodePurity))

标准地块：

(p <- ggplot(data) + geom_point(aes(IncNodePurity,Parameters))) 

旋转y轴标签：

(p1 <- p+ theme(axis.text.y = element_text(angle = 90, hjust = 1)))

一些更多的调整(也是这里显示的第一个图)：

(p2 <- p1 +  scale_x_continuous(limits=c(3,7),breaks=3:7) + theme(axis.title.y = element_blank())) 

看起来像varImpPlot的图(这里显示的第二幅图)：

(p3 <- p2+ theme(panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_line(colour = 'gray', linetype = 'dashed'),
panel.background = element_rect(fill='white', colour='black')))

保存到pdf是很容易的用ggplot：

ggsave("randomforestplot.pdf",p2) 

或

ggsave("randomforestplot.png",p2)

p2

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p3

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Answer 3

我是否正确地理解了，你想让文本charlie和bravo更多地离开情节的边界？如果是这样的话，下面有一个基于对绘图中使用的rownames的修改来存档这个文件的黑客：

myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)
#add white spaces at the end of the rownames
rownames(myrf$importance)<-paste(rownames(myrf$importance), "   ") 
varImpPlot(myrf, type = 2)

dotchart中的adj参数固定为0(向右对齐)，因此如果不修改dotchart的代码，就不能更改该参数。

mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, **adj = 0**, col = color, 
    las = 2, cex = cex, ...)

(来自dotchart)

编辑：您也可以进行另一种类型的黑客攻击。接受dotchart的代码，将上面的行更改为

 mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, adj = adjust_ylab, col = color, 
        las = 2, cex = cex, ...)

然后将参数adjust_ylab添加到参数列表中，并将函数重命名为dotchartHack。现在复制varImpPlot的代码，找到调用dotchart的行，将函数名更改为dotchartHack，并将参数adjust_ylab=adjust_ylab添加到函数调用中，将函数重命名为varImpPlotHack，并将adjust_ylab添加到此函数参数列表中。现在，您可以通过更改参数charlie和bravo来更改adjust_ylab的对齐方式。

 myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE) 
 varImpPlotHack(myrf, type = 2,adjust_ylab=0.5)

来自?par

adj的值决定文本字符串在文本、mtext和title中的对齐方式。值为0将生成左对齐文本、0.5 (默认值)居中文本和右对齐文本.(允许0，1中的任何值，而且在大多数设备上，该间隔以外的值也会工作。)