带有.pdb文件的python

Question

我在做生物工程。

我有.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含有关分子的信息。

我想在.pdb文件中找到一个分子的如下信息：

1. 分子质量
2. H债券捐赠者。
3. H键接受者
4. LogP。
5. 参比

在查找这个文件时，python中是否有处理.pdb文件的模块？

如果没有，谁能告诉我我怎么做同样的事？

我发现了一些像sequtils和protienparam这样的模块，但它们不会这样做。

我先做了调查，然后发了帖子，所以，请不要投反对票。

请评论，如果你仍然反对-投票为什么你这样做。

提前谢谢。

Answer 1

我不知道它是否适合您的需要，但是Biopython看起来可能会有帮助。

Answer 2

PDB文件还输出一个XML文件PDBML，该文件可以使用xml解析库轻松解析。

http://pdbml.pdb.org/

Answer 3

pdb文件几乎可以包含任何内容。许多项目允许您解析它们。有些特定于生物学和pdb文件，另一些则不那么具体，但这将允许您做更多的工作(设置计算、测量距离、角度等)。

我认为你被否决了，因为这些项目很多:你并不是唯一一个想要这样做的人，所以很有可能存在一些完全适合你的需求的东西。

尽管如此，如果您只想解析pdb文件以满足这一特定需求，只需自己执行：

• 使用文本编辑器打开文件。
• 确定相关数据的位置(关键字等)。
• 创建一个Python函数，打开文件并查找关键字。
• 从文件中提取数字。
• 好了。

这可以通过在不到10分钟内编写一个简短的脚本来完成(其他原因是为什么否决)。