如何在Windows上从pygraphviz运行neato

Question

我试图在python (v2.7)中使用pygraphviz和networkx来创建一个网络地图。我找到了一个脚本，它在堆栈溢出时看起来非常有用：

import networkx as nx
import numpy as np
import string
import pygraphviz

dt = [('len', float)]
A = np.array([(0, 0.3, 0.4, 0.7),
               (0.3, 0, 0.9, 0.2),
               (0.4, 0.9, 0, 0.1),
               (0.7, 0.2, 0.1, 0)
               ])*10
A = A.view(dt)

G = nx.from_numpy_matrix(A)
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(len(G.nodes())),string.ascii_uppercase)))    

G = nx.to_agraph(G)

G.node_attr.update(color="red", style="filled")
G.edge_attr.update(color="blue", width="2.0")

G.draw('/tmp/out.png', format='png', prog='neato')

在最后一行中我得到了一个错误，基本上找不到neato：

"ValueError:在path中找不到新的程序。“

该错误引用了用于agraph.py的pygraphviz文件，但是当我查看agraph.py时，我看不到任何可能导致问题的东西。

有什么办法解决这个问题吗？我正在使用windows和空闲来编写代码。谢谢!

Answer 1

我也有同样的问题。下面是我所做的，以防其他人在Windows上很难让pygraphvis工作。

首先，我安装了graphviz。我试着安装pygraphvis推进器，但它无法工作。最后，我找到了非官方的Windows二进制文件，所以我安装了它。导入模块现在可以工作，但是调用G.layout()会导致上述错误。

打电话给neato -V是有效的，所以它就在我的路上。我发现问题在于python是在安装pygraphvis之前创建的命令提示符中运行的，因此路径没有被更新。重新启动命令提示符修复了这个问题，但是导致了一个新的错误，说明C:\Program不是一个有效的命令。

我认为pygraphvis可能没有正确引用路径，这意味着它在Program中的空间被切断了。我通过将它与一条没有空间的路径进行符号连接来解决这个问题。

mklink /d C:\ProgramFilesx86 "C:\Program Files (x86)"

注意，这必须在管理模式下运行。您可以通过转到“开始”菜单，键入cmd，然后按Ctrl+shift+enter来完成这一操作。

在此之后，我编辑了我的路径以引用符号链接，重新启动cmd，一切都正常。

Answer 2

问题是pygraphviz调用一个外部程序(称为内纳托的graphviz套件的一部分)来绘制图形。正在发生的事情是，您没有安装graphviz，当python试图调用它时，它会抱怨找不到它。实际上，pygraphviz只是一个包装器，它使您可以从python内部调用graphviz，但它本身不会做任何事情，默认情况下也不会安装graphviz。

最简单的解决办法是为情节尝试另一个解决方案，而不是neato。已接受的备选办法是：

neato
dot
twopi
circo
fdp
nop

试一试，看看其中一种是否有效。否则，您可以安装graphviz，这将为您提供所需的程序。它在每个平台上都是开源的，所以安装它不成问题。

见http://www.graphviz.org/

如果您只需要一个图形的草图，您可以在networkx图上使用networkx.draw函数，它使用matplotlib创建一个交互式的绘图。

import networkx as nx
G = G=nx.from_numpy_matrix(A)
nx.draw(G)

Answer 3

你的问题是neato不见了。

neato是图形套件的一部分，你可以在你的电脑上安装，例如从这里。(我使用了.msi)

现在，neato被“安装”了，但是您的系统不知道在哪里。因此，将包含neato.exe的目录添加到PATH环境变量中。在Win10上，这可以用Start -> Edit environment variables for your account -> select path in the upper window -> edit -> New -> C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin\或其他安装目录来完成。