在R中调用OpenBUGS不工作

Question

我一直试图运行一个R代码来使用OpenBugs。直到昨天，它才开始正常工作，我不知道我做了什么，结果它开始显示出一些错误。然后我决定看看一些简单的例子是否有效。所以我试了一下 vignettes里的学校例子。

文件schools.txt中的模型是

sink("schools.txt")
cat("
      model {
      for (j in 1:J)
      {
        y[j] ~ dnorm (theta[j], tau.y[j])
        theta[j] ~ dnorm (mu.theta, tau.theta)
        tau.y[j] <- pow(sigma.y[j], -2)
      }
      mu.theta ~ dnorm (0.0, 1.0E-6)
      tau.theta <- pow(sigma.theta, -2)
      sigma.theta ~ dunif (0, 1000)
    }",fill=TRUE)
sink()

运行该程序其余部分的代码如下：

    data(schools)
 J <- nrow(schools)
 y <- schools$estimate
 sigma.y <- schools$sd
 data <- list ("J", "y", "sigma.y")

inits <- function()
{ 
  list(theta = rnorm(J, 0, 100), mu.theta = rnorm(1, 0, 100),sigma.theta = runif(1, 0, 100))
}

schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000) 

不幸的是，我得到了与以前相同的错误.

 > schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000)
    Error in sd(as.vector(ai)) : unused argument(s) (as.vector(ai))

我也尝试过指定program=c('OpenBugs') ，但这给了我另一个奇怪的错误，因为OpenBugs在path中。

     Error in bugs(data, inits, model.file = "schools.txt", parameters = c("theta",  : 
  unused argument(s) (program = c("OpenBugs"))

编辑

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] abind_1.4-0        rjags_3-9          R2WinBUGS_2.1-18   BRugs_0.8-0        R2OpenBUGS_3.2-2.1
[6] LearnBayes_2.12    coda_0.16-1        lattice_0.20-10   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] boot_1.3-7    grid_2.15.2   plyr_1.8      stringr_0.6.2 tools_2.15.2 

traceback()给..。

> traceback()
No traceback available

编辑-2

  > getAnywhere("sd")
2 differing objects matching ‘sd’ were found
in the following places
  .GlobalEnv
  package:stats
  namespace:stats
Use [] to view one of them` 

如何删除我定义的并位于.GlobalEnv中的.GlobalEnv

编辑-3

问题解决了。我将对象sd 从工作区中移除，一切都正常。

Answer 1

我认为您已经以某种方式定义了一个奇怪的sd版本。getAnywhere("sd")$where的结果是什么？应该是"package:stats" "namespace:stats"。如果您使用attach(schools)，我可以看到它将在您的工作区中创建另一个名为sd的对象，但这不会造成问题，因为它不是一个函数。

解决方案：rm(sd)或rm("sd") (后者可能更好)