在脚本中使用setwd()的风险？

Question

我听说它说在脚本中使用setwd()是不好的做法。

• 与此相关的风险/危险是什么？
• 更好的选择是什么？

Answer 1

这是一个可复制代码的问题。如果您指定的目录不存在于其他人的计算机上，那么他们就不能使用您的代码。这对于绝对文件路径尤其糟糕，对于Windows文件路径尤其糟糕(这在Unix系统上是绝对不可能复制的)。

我喜欢的解决方案是，在开始运行代码之前，指定用户应该在他们自己的系统上的相关目录中。如果为了您的方便起见，您希望将一个setwd(...)放在代码的顶部，其他人可以注意到它，并酌情将其注释掉，但是您的其余代码只考虑与起始目录的相对路径，这对我来说是可以的。

谢一辉(“knitr”一书作者)对此尤为强烈：

https://groups.google.com/forum/?fromgroups=#!topic/knitr/knM0VWoexT0

每当您想要操作文件时，都会假设它们位于源的同一目录下(例如，Rnw文档)。然后，您可以始终使用相对路径，您将不再需要setwd()。使用setwd()与可再现性原则相矛盾，例如，您使用setwd('foo/bar/')，其他人的计算机中可能不存在该目录。见常见问题7：https://github.com/yihui/knitr/blob/master/FAQ.md

根据上述常见问题7：

最好不要在编织机代码块中更改工作目录。您的工作目录总是getwd() (所有输出文件都将在这里编写)，但是代码块是在输入文档来自的目录下计算的。在运行R代码时更改工作目录通常是一种不好的做法。有关讨论，请参见第38号。您还应该尽可能地避免绝对目录(而不是使用相对目录)，因为它降低了可复制性。

另见：https://github.com/yihui/knitr/issues/38

Answer 2

我想不出在我管理的服务器上运行的脚本中使用setwd()有什么特别的问题，因为它确实返回了一个错误，这个错误可以用try()来捕获，并且您可以管理它。我在懒散路径时使用了setwd() --参见下面！

我在脚本制作或其他方面广泛使用file.path()。在输入目录中跨文件工作，并将输出图形和报表放到其他地方。所以一些类似..。(未经测试)使用setwd()会有些乏味。

kInDir <- '~/Indir'
kOutDir <- '~/Outdir'
flist <- dir(path=kInDir, pattern='^[a-z]{2,5}\\.csv$')
# note I could have used full.names=T - but it's easier not to...
for (fnam in flist) {
  # full path to the report file created
  sfnam <- file.path(kOutDir, gsub('.csv', '_report.txt', fnam))
  # full path to the csv file that will be created
  ofnam <- file.path(kOutDir, gsub('.csv', '_b.csv', fnam))
  #
  # ok... we're going to process this CSV file...
  r1 <- read.csv(file.path(kInDir, fnam))
  #
  # we''ll put the output from the analysis into this report file
  sink(sfnam, split=TRUE)
  # processs it... into a new data.frame k1
  # blah blah blah...
  #
  write.csv(k1, file=ofnam, row.names=FALSE)
  sink() # turn off this particular report file
}

Answer 3

对于更好的替代方案问题：

我主要将R用于单个项目(这意味着我是主要的分析师)。然而，我们确实在有时需要与他人共享的项目中使用这些方法。

RStudio -项目

我发现RStudio's项目的功能是长路来保持文件的组织性。如果其他用户也采用RStudio，他们会有一种良好的感觉，能够打开单个文件("*.Rproj")，并将项目负载保持在上次保存到的状态。

ProjectTemplate

在此基础上，我找到了一个新工具，ProjectTemplate，它更进一步了！作者开发的技术用于为您所做的工作提供结构。请到网站了解更多细节。