r中的行标记群和“类型t”图

Question

我从R.中的一个数据框架中生成了一个排序图，该数据框架包括按站点(行)排列的物种(列)。在矩阵中有一组经过“处理”的站点和一组控制站点。但是，我计算排序的方式不需要矩阵中的其他变量(即，没有明确的标识符说明站点是否“被处理”)。问题:我可以在不构造分类变量的情况下，逐组标记图中的点吗？或者，我是否可以给处理行(例如第1:7行)一种符号类型，而控件(例如8:14)另一种类型？

下面是一个例子：

#guess i don't have the reputation to post images...hmmm...

#looks something like this (first column is the site)  

#     spec1 spec2 spec3...spec14
#  1    0     1     0  ...    2
#  2    1     5     0  ...    0
#  3    0     2     1  ...    0  
#  .  
#  .  
#  .  
#  14  

# vegan package  
library(vegan)  

# example data matrix is 14x14, species names across columns, sites are numbered automatically upon import of txt file into RStudio  

data(example)  

#vegdist creates a distance matrix of sites  

example.dis <- vegdist(example) 

#monoMDS computes ordination of distance matrix  

example.mds <- monoMDS(example.dis) 

#plot it 

这里我认为我可以修改这个图形，但我不知道如何实现它，

plot(example.mds)  

Answer 1

是的，您可以使用外部变量来指定点的颜色。

下面是一个示例：

# some data
require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

# vector holding the colors
cols <- c("red", "blue", "pink", "green")

# NMDS with bray-curtis distance
nmds <- metaMDS(dune, "bray", 2)

# empty plot
plot(nmds, type = "n")

# Add points colored by Environmental Variable Management
points(nmds, col = cols[dune.env$Management], pch = 16)

# add legend
legend("topright", legend=levels(dune.env$Management), col=cols, pch = 16)

​

​