无法请求使用biopython返回网格项

Question

快速提问--第一次使用生物技术--我只是试着陪审团--在教程的基础上快速地操纵一些东西。

我似乎无法让Entrez.efetch()返回给定文章的网格条件，唯一的方法似乎是我正在做的事情，即：

handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)

其中，pmids是一个公共ID列表。

这将返回以下内容：http://pastie.org/5459700

我尝试过在没有运气的情况下调整每个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/的rettype和retmode参数。我有什么明显的遗漏吗？

Answer 1

这个问题最好在Biopython邮件列表或者http://www.biostars.org/上提出。在那里更有可能找到有Entrez经验的人。

问题是，PMID 23165874的记录没有任何MeSH术语。将该记录的原始XML与有MeSH术语的进行比较。后者有一节开始：

<MeshHeadingList>
  <MeshHeading>
    <DescriptorName MajorTopicYN="N">ADP Ribose Transferases</DescriptorName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">genetics</QualifierName>
  </MeshHeading>
  <MeshHeading>
    <DescriptorName MajorTopicYN="N">Acinetobacter</DescriptorName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">drug effects</QualifierName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">genetics</QualifierName>
  </MeshHeading>
  ..

换句话说，很难得到不存在的东西。

Answer 2

这对我来说很管用：

from Bio import Entrez # install with 'pip install biopython'
from Bio.Entrez import efetch, read
Entrez.email = "your@email.com" # register your email

def get_mesh(pmid):
    # call PubMed API
    handle = efetch(db='pubmed', id=str(pmid), retmode='xml')
    xml_data = read(handle)[0]
    # skip articles without MeSH terms
    if u'MeshHeadingList' in xml_data['MedlineCitation']:
        for mesh in xml_data['MedlineCitation'][u'MeshHeadingList']:
            # grab the qualifier major/minor flag, if any
            major = 'N'
            qualifiers = mesh[u'QualifierName']
            if len(qualifiers) > 0:
                major = str(qualifiers[0].attributes.items()[0][1])
            # grab descriptor name
            descr = mesh[u'DescriptorName']
            name = descr.title()

            yield(name, major)

# example output
for name, major in get_mesh(128):
    print '{}, {}'.format(name, major)