重写由另一个包继承的包函数

Question

我试图重写tidy.source包的knitr函数。问题是tidy.source是在由knitr包导入的formatR包中定义的。如果我跑：

get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))

我知道原始密码了。因此，我很想用以下方法覆盖tidy.source：

assignInNamespace ("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "knitr")，

但我明白：

Error in bindingIsLocked(x, ns) : no binding for "tidy.source"。

实际上，tidy.source是在formatR中定义的，并由knitr继承。通过以下方式：

assignInNamespace ("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "formatR")

一切看起来都很顺利，但是再次检查get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))显示，在knitr内部什么都没有改变。

有什么帮助吗？

编辑：

这一问题部分是过时的，因为新的开发版本的针织/成型R。非常感谢一辉注意到这一讨论，并决定更新他的包裹。请参见：

https://github.com/yihui/formatR/commit/6f70360f359caa8d2bb33190a1c89530defb0e98

我绝对可以从瑞典人转到针织者。

无论如何，有关导入包函数的覆盖的一般问题仍然没有解决。由于它不再与编织品/格式R包有关，所以我用更一般的术语重申它。

假设您有一个主要导入包imp的包。如果加载前者，则"package:main"显示在附加包的列表中，"main"和"sub"显示在加载的命名空间的名称中。

假设main导入导出的子函数exp.sub.func，后者依次调用非导出的子函数prv.sub.func。如果您想用您的exp.sub.func更改/自定义exp.sub.func.mod，您可以考虑使用：

assign("exp.sub.func", exp.sub.func.mod, asNamespace ("sub"))

因此，通过运行sub::exp.sub.func，您将获得修补版本(即exp.sub.func.mod)。

不幸的是，只要您的exp.sub.func.mod一直依赖于prv.sub.func，您就会得到错误：

Error in [...] : object 'prv.sub.func' not found

事实上：

environment(sub::exp.sub.func) 

现在返回：<environment: R_GlobalEnv>，而它在修补之前是<environment: namespace:sub>。

问题是:如何将修补好的函数移动到适当的命名空间？

为了实现上面的问题，您当然可以使用任何包；在我的示例中，我使用formatR和tidy.source作为main和导入的命名空间，使用tidy.source()作为修补函数。

Answer 1

更改formatR命名空间中的函数不会更改针织r使用的内容，因为已经加载。所以，你可以卸载和重新装载它。

assignInNamespace("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "formatR")
detach('package:knitr', unload=TRUE)
library(knitr)
get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))
#function()print("My tidy.source")

Answer 2

如果您想要的只是函数参数之后的注释，我在开发版中提供了对开发版的支持，您可以使用从吉突布安装它。

通常，使用assignInNamespace()修改包是个坏主意，正如它的文档所示。

Answer 3

这是一个可能的错误尝试，它允许tidy.source包中包含的函数参数之后的内联注释。

## ============ Possible (wrong?) ideas on inline comments ============

  tidy.source.mod=  function (source = "clipboard", keep.comment = getOption("keep.comment",
    TRUE), keep.blank.line = getOption("keep.blank.line", TRUE),
    keep.space = getOption("keep.space", FALSE), replace.assign = getOption("replace.assign",
        FALSE), left.brace.newline = getOption("left.brace.newline",
        FALSE), reindent.spaces = getOption("reindent.spaces",
        4), output = TRUE, text = NULL, width.cutoff = getOption("width"),
    ...)
{     
    if (is.null(text)) {
        if (source == "clipboard" && Sys.info()["sysname"] ==
            "Darwin") {
            source = pipe("pbpaste")
        }
        text = readLines(source, warn = FALSE)
    } 
    if (length(text) == 0L || all(grepl("^\\s*$", text))) {
        if (output)
            cat("\n", ...)
        return(list(text.tidy = "", text.mask = ""))
    } 
    text.lines = text
    if (keep.comment) {
        if (!keep.space)
            text.lines = gsub("^[[:space:]]+|[[:space:]]+$",
                "", text.lines)
        head.comment = grepl("^[[:space:]]*#", text.lines)
        if (any(head.comment)) {
            text.lines[head.comment] = gsub("\"", "'", text.lines[head.comment])
        }
        if (!keep.space) {
            head.comment = head.comment & !grepl("^\\s*#+'",
                text.lines)
            text.lines = reflow_comments(text.lines, head.comment,
                width.cutoff)
            head.comment = grepl("^[[:space:]]*#", text.lines)
        }
        text.lines[head.comment] = sprintf("invisible(\"%s%s%s\")",
            begin.comment, text.lines[head.comment], end.comment)
        blank.line = grepl("^[[:space:]]*$", text.lines)
        if (any(blank.line) && keep.blank.line) {
            else.line = grep("^[[:space:]]*else(\\W|)", text.lines)
            for (i in else.line) {
                j = i - 1
                while (blank.line[j]) {
                  blank.line[j] = FALSE
                  j = j - 1
                  warning("removed blank line ", j, " (you should not put an 'else' in a separate line!)")
                }
            }
            text.lines[blank.line] = sprintf("invisible(\"%s%s\")",
                begin.comment, end.comment)
        }
        text.lines = mask_inline(text.lines)
    } 
    #modified code
    ic=grepl( "%InLiNe_IdEnTiFiEr%", text.lines)
    text.lines[ic]=substr(text.lines[ic], 1, nchar(text.lines[ic])-1)
    text.lines[ic]=  paste0(text.lines[ic], "%InLiNe_IdEnTiFiEr_mod%\"")
    #end modified code
    text.mask = tidy_block(text.lines, width.cutoff, replace.assign)
    text.tidy = if (keep.comment)
        unmask.source(text.mask)
    else text.mask
    text.tidy = reindent_lines(text.tidy, reindent.spaces)
    if (left.brace.newline)
        text.tidy = move_leftbrace(text.tidy, reindent.spaces)
    #modified code
    text.tidy= unlist(sapply(text.tidy, strsplit, "%InLiNe_IdEnTiFiEr_mod%", USE.NAMES=FALSE))
    #end modified code
    if (output)
        cat(paste(text.tidy, collapse = "\n"), "\n", ...)
    invisible(list(text.tidy = text.tidy, text.mask = text.mask))
}     
## ====================================================


## ============ Implementation ============

## Clean-up
if("formatR" %in% loadedNamespaces() ) detach('package:formatR', unload=TRUE)
if(exists("tidy.source"))rm(tidy.source)
library("formatR")


## String with inline comments after arguments
text.input="paste(1 # comm
   ,7)
"     
## The same in vector format
text.input=strsplit(text.input, "\n")[[1]]

## Implementation without patch
tidy.source(text=text.input) #newline removed with  wrong result!
# paste(1  # comm, 7) 


# Tentative patch
unlockBinding("tidy.source", as.environment("package:formatR") )
assign("tidy.source", tidy.source.mod, pos="package:formatR")
environment(tidy.source)= asNamespace( "formatR" )

## Implementation with patch
tidy.source(text=text.input) # apparently ok:
# paste(1  # comm
# , 7)