Windows 7:通过脚本安装多个R包

Question

我试图在Windows 7上编写安装R2.15.1的脚本。r安装得很好，但我不知道如何从同一个批处理脚本(或任何批处理脚本)中安装多个包。下面是脚本的一部分，我调用一个简单的R文件。

"%ProgramFiles%\R\R-2.15.1\bin\R.exe" CMD BATCH "%~dp0R packages for GME.R"

以下是“GME.R软件包”的内容，其中包含了要安装的软件包。

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)

考虑到文档化的所有权和ACL在Windows中写入默认库文件夹时出现问题，我尝试了以下几种方法：

1. 获取"C:\Program \R-2.15.1\library“的所有权，然后运行R CMD BATCH <file> (无更改)；
2. 将“完全控制”权限授予同一文件夹上的用户帐户，然后运行R CMD BATCH <file> (无更改)；
3. 通过Rprofile.site将库文件夹更改为另一个位置，然后运行R CMD BATCH <file> (无更改)；
4. 通过Rgui install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)运行命令(works)。

到目前为止，我还没有成功地使用CMD或批处理脚本来安装软件包。我遗漏了什么吗？任何脚本包安装的替代方式都将受到极大的欢迎。

此外，我将安装的机器是为多个用户，所以系统范围的安装和配置是首选。

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编辑2012-11-06:以下是来自.Rout文件的错误消息：

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)
Warning in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  :
  'lib = "coda"' is not writable
Error in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph",  : 
  unable to install packages
Execution halted

如果我在之后执行library(coda)，它就会给出Error in library(coda) : there is no package called ‘coda’。

Answer 1

odesolve软件包被折旧，并被deSolve所取代。R2.15.1在遇到此包时抛出一个错误。可能会给你带来麻烦。下面是一个用于安装新R安装包的脚本。

libs=c("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve‌​","RandomFields")
type=getOption("pkgType")                           
    CheckInstallPackage <- function(packages, repos="http://cran.r-project.org",
       depend=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests", "Enhances"), ...) {
         installed=as.data.frame(installed.packages())
    for(p in packages) {
        if(is.na(charmatch(p, installed[,1]))) { 
          install.packages(p, repos=repos, dependencies=depend, ...) 
                    }
      }
    } 
    CheckInstallPackage(packages=libs)