以文本/表格格式显示TraMineR (R)树状图

Question

我使用以下R代码生成基于TraMineR序列的标签的树状图(见附图)：

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整的代码(包括数据集)可以找到这里。

虽然树状图信息丰富，但以文本和/或表格格式获取相同的信息是很方便的。如果我调用对象集群的任何一个方面(由agnes创建)，比如"order“或"merge”，那么所有标记都使用数字，而不是从colnames(twitter_sequences)获得的名称。另外，我不知道如何输出在树状图中以图形方式表示的分组。

概括地说：如何获得文本/表格式的集群输出，并使用R正确显示标签，理想的情况下是traminer/集群库？

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Answer 1

这个问题与cluster包有关。agnes.object由agnes返回的帮助页(参见http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html )指出，该对象包含一个“类似于order的order.lab组件，但包含观察标签而不是观察编号。只有当原始观察被标记时，该组件才可用。”

由twitter.om生成的不同矩阵(在您的情况下是TraMineR )目前并不将序列标签保留为行和列名。要获得order.lab组件，必须手动将序列标签指定为twitter.om矩阵的rownames和colnames。我在这里用mvad包提供的TraMineR数据来说明。

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

这是为了获得带有序列标签而不是数字的order。但现在我还不清楚您希望以文本/表的形式实现哪个集群结果。从树状图中，您决定要在什么地方切割它，即您想要的组数，并使用cutree (例如，cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4) )剪除树状图。结果cl.4是一个包含每个序列的集群成员的向量，您可以得到组1成员的列表，例如，使用rownames(mvad.seq)[cl.4==1]。

或者，您可以使用identify方法(参见?identify.hclust)以交互方式从绘图中选择组，但需要将参数作为as.hclust(cward)传递。下面是示例的代码

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]] 

希望这能有所帮助。