导致对象消失的函数

Question

这是我遇到的一种非常奇怪的情况。基本上，我试图将累积分布函数与我的数据的G函数相匹配。完成之后，我想绘制模型和原始数据，并将其输出为PDF格式。我将允许代码解释(只需复制和粘贴)：

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

上面的代码工作得很好。

现在是奇怪的部分。

当我将mydata <- swedishpines之后的所有命令封装为一个函数，并使mydata成为该函数的输入时，它就不再工作了。下面的代码应该像最后一段代码那样执行，但它没有执行。

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

ModelFit <- function(mydata) {

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

}

ModelFit(mydata)

发生下列错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'new_r' not found

我很困惑。我在这个问题上做了很长时间，只是想不出解决这个问题的办法。PDF是输出的，但它是腐败的，并且不会打开。我不知道为什么new_r‘消失’，但这样做，它会导致所有的绘图操作停止。显然，new_r是函数ModelFit的本地函数，但它似乎也是函数中某些区域的本地函数。

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

你在里面做了很多含蓄的事.我建议把事情写得更清楚些。

具体来说，mydata.Gest$r <- new_r在您的绘图公式plot(..., cbind(rs, theo) ~ r, ...)中将new_r替换为r。这对我有用。不清楚为什么它在函数之外而不在内部工作，但是依赖plot来查看mydata.Gest的本地作用域new_r是有风险的。

另外，使用=将事物分配给数据帧中的列，而不是<-。

一次干净的会议：

data.frame(x<-1:10, y<- 1:10)
ls()

对比

data.frame(x=1:10, y=1:10)
ls()