如果通过tryCatch调用RScript，则RScript不会捕获错误

Question

我在R.面临一个奇怪的问题。

考虑以下代码(真实代码的一个非常简化的版本，但仍然存在问题)：

library(timeSeries)

tryCatch(
{
  specificWeekDay <- 2

  currTs <- timeSeries(c(1,2),c('2012-01-01','2012-01-02'),
                       format='%Y-%m-%d',units='A')
  # just 2 dates out of range
  start <- time(currTs)[2]+100*24*3600
  end <- time(currTs)[2]+110*24*3600

  # this line returns an empty timeSeries
  currTs <- window(currTs,start=start,end=end)

  message("Up to now, everything is OK")

  # this is the line with the uncatchable error
  currTs[!(as.POSIXlt(time(currTs))$wday %in% specificWeekDay),] <- NA

  message("I'm after the bugged line !")

},error=function(e){message(e)})

message("End")

当我在RGui中运行该代码时，我正确地获得了以下输出：

到现在为止，一切都很好 在为函数选择方法时计算参数'i‘时出错[<-’：as.POSIXlt.numeric中的错误(time(CurrTs))：‘原产地’必须提供 结束

相反，当我使用以下行通过RScript (在windows中)运行它时：

RScript.exe --vanilla "myscript.R"

我得到了这个输出：

到现在为止，一切都很好 执行中断

好像RScript崩溃了..。

知道原因吗？

这是timeSeries包错误，还是我做错了什么？

如果是后者，那么确保捕获所有错误的正确方法是什么？

提前谢谢。

编辑:

下面是一个不使用timeSeries包的问题的复制示例。要测试它，只需像上面描述的那样运行它：

library(methods)
# define a generic function
setGeneric("foo", 
           function(x, ...){standardGeneric("foo")})
# set a method for the generic function
setMethod("foo", signature("character"),
          function(x) {x})
tryCatch(
{
  foo("abc")
  foo(notExisting)
},error=function(e)print(e))

这似乎与泛型方法调度有关；当方法的参数导致错误时，调度程序无法找到该方法的签名，因此会引发tryCatch函数在运行RScript时似乎无法处理的异常。

奇怪的是，这种情况在print(notExisting)中没有发生；在这种情况下，异常是正确处理的。

知道原因和如何捕捉这种错误吗？

注意：

我在Windows 7上使用R-2.14.2

Answer 1

问题在于实现S4方法的内部C代码如何尝试捕捉和处理一些错误，以及在这种方法中如何处理非交互的情况。R-devel和R-修补很快就会有一个解决方案。

工作-现在致力于研发和R补丁。

Answer 2

关于tryCatch()的信息，OP已经知道并使用了，但我没有注意到

我认为您缺少的是您的tryCatch()并没有对错误做什么特别的事情，因此您正在以正常的方式引发错误。在交互式使用中，将以通常的方式抛出并处理错误，但在非交互式会话( la Rscript)中运行的脚本中的错误将中止正在运行的脚本。

tryCatch()是一个复杂的函数，它允许捕获和处理R中的各种事件，而不仅仅是错误。但是，默认情况下，它被设置为模仿标准的R错误处理过程；基本上允许R抛出错误并由R报告错误，如果您希望R执行除基本行为之外的任何其他操作，则需要为该错误添加一个特定的处理程序：

> e <- simpleError("test error")
> tryCatch(foo, error = function(e) e,
+          finally = writeLines("There was a problem!"))
There was a problem!
<simpleError in doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler): object 'foo'
not found>

我建议您更详细地阅读?tryCatch，以更好地理解它的功能。

另一种选择是使用try()。要修改您的脚本，我只需：

# this is the line with the uncatchable error
tried <- try(currTs[!(as.POSIXlt(time(currTs))$wday %in% specificWeekDay),] <- NA,
             silent = TRUE)
if(inherits(tried, "try-error")) {
    writeLines("There was an error!")
} else {
    writeLines("Everything worked fine!")
}

关键是保存从try()返回的对象，这样您就可以测试类，并让try()安静地运行。考虑一下不同之处：

> bar <- try(foo)
Error in try(foo) : object 'foo' not found
> bar <- try(foo, silent = TRUE)
> class(bar)
[1] "try-error"

注意，在上面的第一个调用中，错误被捕获为和报告为一条消息。在第二种情况下，没有报告。在这两种情况下，都返回类"try-error"的一个对象。

在内部，try()是作为对tryCatch()的单个调用编写的，该调用为错误处理程序设置一个自定义函数，该函数将错误报告为消息并设置返回的对象。您可能希望研究try()的R代码，作为使用tryCatch()的另一个例子。