PETSc示例不起作用

Question

我有Windows 7操作系统。我遵循了PETSc网页的指示；在VS 2005的命令提示符中，我打开了cygwin并使用以下命令安装了PETSc：

./configure --with-cc='win32fe cl' --with-fc=0 --with-mpi=0 --download-f2cblaslapack

我试图从网页上运行以下示例：

cd src/ksp/ksp/examples/tutorials

make ex2

ex2.c是一个c程序代码。我得到以下错误：

$ make ex2

makefile:18: /conf/variables: No such file or directory

makefile:19: /conf/rules: No such file or directory

makefile:1151: /conf/test: No such file or directory

make: *** No rule to make target `/conf/test'.  Stop.

是什么引起的？

(更重要的是)我该如何修复它？

*编辑:我也可以使用一个一般性的答案，因为目前我甚至不知道谷歌的目的是什么，我不想仅仅联系PETSc支持的一切。

我决定在Ubuntu上工作。现在，我们来谈一谈。安装后，我写道：

gcc -I$PETSC_DIR/包括-L$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib -libpetsc ex2

在命令行。我得到了错误按摩：

/usr/bin/ld:无法找到-libpetsc ex2: In function _start': (.text+0x1bc4): multiple definition of_start‘ex2: In function _fini': (.fini+0x0): multiple definition of_fini’/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o:(.fini+0x0)：首先在这里定义ex2:(.rodata+0x0)：_IO_stdin_used' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crt1.o:(.rodata.cst4+0x0): first defined here ex2: In function__data_start的多个定义：(.data+0x0)：__data_start' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crt1.o:(.data+0x0): first defined here ex2: In function__data_start的多个定义：(.data+0x8)：__dso_handle' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/crtbegin.o:(.data+0x0): first defined here ex2: In function_init的多个定义：(.init+0x0)：`_init‘__dso_handle' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/crtbegin.o:(.data+0x0): first defined here ex2: In function的多个定义-gnu/crti.o:(.init+0x0)：首先在这里定义collect2: ld返回1个退出状态

Answer 1

正如在PETSc网页上提到的章节中遇到的问题？对于与make相关的问题，需要设置通过配置打印的PETSC_DIR和PETSC_ARCH。

是什么引起的？

makefile目录中的src/ksp/ksp/examples/tutorials引用PETSC_DIR来包含配置文件，即

include ${PETSC_DIR}/conf/variables
include ${PETSC_DIR}/conf/rules

...
include ${PETSC_DIR}/conf/test

现在，当您将make作为make ex2执行(从错误中指示您没有设置PETSC_DIR变量)时，${PETSC_DIR}是空的，因此make尝试包含不存在的/conf/variables、/conf/rules和/conf/test文件。

我该怎么解决呢？

您必须按照网站上提到的那样运行make，如

make PETSC_DIR=<dir_output_from_configure> PETSC_ARCH=<arch_output_from_configure> ex2

在此之前，您需要正确构建源代码。为了澄清您在问题中提到的内容，./configure ...不安装PETSc，而只是配置构建的源代码。您需要运行make。当您成功运行configure时，它将输出包括PETSC_DIR和PETSC_ARCH在内的配置细节。样本输出：

./configure --with-mpi=0
===============================================================================
             Configuring PETSc to compile on your system                       
===============================================================================
TESTING: alternateConfigureLibrary from PETSc.packages.petsc4py(config/PETSc/packages/petsc4py.py:65)                                                                   Compilers:
...
...
PETSc:
  PETSC_ARCH: arch-linux2-c-debug
  PETSC_DIR: /XXXX/petsc-3.3-p1
  Clanguage: C
  Scalar type: real
  Precision: double
  shared libraries: disabled
  dynamic loading: disabled
  Memory alignment: 16
xxx=========================================================================xxx
 Configure stage complete. Now build PETSc libraries with (cmake build):
   make PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all
 or (experimental with python):
   PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug ./config/builder.py
xxx=========================================================================xxx

然后运行make PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all，如configure输出中提到的那样。这将建立图书馆。现在，您应该能够构建这个示例了。(请注意，这是在Linux上运行的，您应该能够在cygwin上做同样的事情)

附带注意:似乎不需要设置PETSC_ARCH来构建示例，您应该能够使用make PETSC_DIR=<dir_output_from_configure> ex2进行构建。

希望这能有所帮助！

Answer 2

我也有同样的问题。你只需要一个解决办法。在显示上述错误的makefile中，只需给出makefile中PETSC_DIR变量的值。例如，对我来说

PETSC_DIR=/Users/kanikas/Documents/research/petsc/petsc-3.5.2

注意：PETSC_DIR应该是petsc的根目录。

Answer 3

我正在工作，直接在~/..bashrc中添加导出路径。这样我就不需要一遍又一遍地写这条路了。

sudo nano ~/.bashrc

转到文件的最后一行：

#PETScXXX
export PETSC_DIR=/home/username/PETSc/petsc-3-8
export PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug

每次启动shell时，都可以访问正确的petsc路径和库。

我希望这能对某人有所帮助。(运行Xubuntu 16.04 64位)