什么命令将针织品R标记转换为堆栈-交换友好的标记？

Question

动机：我通常希望将使用R进行快速分析的结果粘贴到StackExchange站点中。这包括堆栈溢出上的r-标记、交叉验证，甚至包括认知科学堆栈交换这样的站点上的特定域分析(例如，对经合组织生命指数数据的快速分析)。

默认转换的问题：默认的标记输出knitr不适合包含在StackExchange上。我能看到的主要问题是

• 图像引用到本地硬盘驱动器。
• 代码块不是制表符或空格缩进，而是使用github样式标记(即没有缩进)

也就是说，这些块儿看起来是这样的：

```r

一些代码

输出结果如下

一些输出

..。

还可能需要考虑其他具体问题，例如

• 确保适当地包括表
• 确保对支持MathJax的站点(如交叉验证和认知科学堆栈交换)正确地通过公式。

问题

什么是一个很好的命令将R标记转换成标记(或HTML)，适合简单地包含到堆栈交换站点中？

我认为理想的命令应该是一个单行命令，它接受一个formatted文件，并生成一个文件，在这个文件中，整个内容可以直接粘贴到Stack中，从而产生一个格式良好的问题或答案。

我以几个代码块、一个图形和一个等式作为测试示例，共享这个简单的rmd文件。

Initial the ：将图像托管在imgur上可能会解决图像的问题。这可以通过在R文件中包含以下内容来完成，但是如果将该指令合并到某个一行命令中，可能会更简单。

``` {r }

opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload)

```

可能值得考虑的是，HTML还是Markdown是粘贴到StackExchange的更好的格式。markdown包提供了很大的灵活性。

Answer 1

下面是一个实用程序函数，可以让您开始使用它。它将自动上传设置为imgur，以及使用选项卡而不是围栏块来标记源代码。您可以增强此功能以添加其他有用的选项。

stackify <- function(rmd_file, ...){
  require(knitr)
  opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload) 
  render_markdown(strict = TRUE)
  out <- knit(rmd_file, ...)
  return(invisible(out))
}

更新:我在您的测试文件上测试了这个函数，它在启用了stats.stackexchange.com的mathjax上呈现得很好。

Answer 2

尽管我仍然想阅读其他建议，但我还是以@Ramnath的答案为起点，将这个脚本合并在一起。它输出一个HTML片段，而不是Markdown。

Rscript -e 'rmd_file <- dir(pattern="rmd"); md_file <- sub("rmd", "md", rmd_file); html_file <- sub("rmd", "html", rmd_file); require(methods); require(knitr); require(markdown); opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload); knit(rmd_file); markdownToHTML(md_file, html_file, options="fragment_only") '

• 它假定工作目录中有一个rmd文件。我认为选择rmd文件可以以更复杂的方式完成。
• 它要求安装knitr和markdown包。
• 我认为，因为我们使用的是“Rscript”，所以需要加载methods包。
• 它会上传图片
• markdownToHTML只将代码片段导出为html文件。然后，可以将该文件的内容复制到Stack Exchange应答中。

结果看上去相当不错。它克服了空白行过多的问题。然而，输出并不是标记式的，这使得结果很难编辑。

Answer 3

RStudio使用pandoc，因此您可以指定适合您需要的减价变体。在.Rmd文件开始时：

---
output:
  md_document:
    variant: markdown_strict+autolink_bare_uris
---

然后，您应该能够将结果文件内容复制/粘贴到StackExchange中。

请参阅：Format.html#markdown-变体