CLUSTERGRAM对象的置换向量(MATLAB)

Question

我正在使用来自生物信息学工具箱(Ver3.7)的CLUSTERGRAM对象。MATLAB版本R2011a。

我想获得行的置换向量和集群图中的列，就像我可以使用树状图函数那样：

x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
     9    10     6     7     8     1     2     4     5     3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
     6     7     8     9     2     1     3     4     5    10

我发现聚类和树状图是不一样的，很可能是由于最优的叶序计算(我不想禁用它)。

例如，聚类图来自：

clustergram(x)

('average'和'eucledian'是集群图的默认方法)

向量(如附图所示)应是：

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];

​

​

那么，如何通过编程获得这些向量呢？有人很熟悉这个东西吗？

有人能提出一个好的替代方案吗？我知道我可以创建一个类似的图形，结合图像和树状图的函数，但是叶序在聚类图中要比在树状图中更好(最优)。

Answer 1

从文档中可以看出，get(gco,'ColumnLabels')和get(gco,'RowLabels') (其中gco是集群对象)应该会给出重新排序的标签。注意，对应的set-methods以原始顺序接收标签并在内部重新排序。

因此，如果您使用了自定义标签(set(gco,'RowLabels',originalLabels))

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels)

应该返回行排列。