安装后h5py出现错误

Question

可能重复：

Installing h5py on OS X

我试图让h5py在我的OSXLion10.7.3 Macbook Pro上工作。它以前工作过，但不知怎么的，它被卸载了，我不能再安装它了。这似乎与安装XCode 4.3有关，但我不确定。

导入h5py时，我得到以下错误：

>>> import h5py


   Traceback (most recent call last):

  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/__init__.py", line 1, in <module>
    from h5py import _errors
ImportError: dlopen(/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so, 2): Symbol not found: _H5E_ALREADYEXISTS_g
  Referenced from: /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so
  Expected in: flat namespace
 in /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so

我想这和HDF5 5库有关。它还没有安装，所以我首先使用

brew install hdf5

这没有任何错误。但下面的警告在结尾。我想这很重要：

ld: warning: ignoring file ../hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5.a, 
file was built for archive which is not the architecture being linked (i386)

我不能百分之百确定这意味着什么，但我想这个库是为i386体系结构编译的，但是这个目录中有更多的文件它没有抱怨：

libhdf5.la
libhdf5.dylib -> libhdf5.7.dylib
libhdf5.7.dylib
libhdf5.settings
libhdf5.a
libhdf5_hl.la
libhdf5_hl.dylib -> libhdf5_hl.7.dylib
libhdf5_hl.a
libhdf5_hl.7.dylib

后来，我也自己编译了这个来源，从HDF5组网站(http://www.hdfgroup.org/HDF5/)下载。使用以下配置行，确保它使我添加的共享库--启用共享和禁用fortran：

./configure --with-zlib=/usr/local --disable-fortran 
--prefix=/usr/local/ --target=x86_64-apple-darwin 
-build=x86_64-apple-darwin --host=x86_64-apple-darwin 
--enable-shared --disable-production

我已经删除了h5py和hdf5库，并重新安装了它们几次(都自己编译了h5py，比如使用pip和easy_install)，但这似乎没有帮助。

我还使用刚才使用以下命令进行的构建安装了h5py：

python setup.py build --hdf5=../hdf5-1.8.8/hdf5

我还更新了我的numpy和scipy安装到最新版本。

Answer 1

从Mac的干净安装来看，我要做的是：

使用命令行工具安装Xcode (xcode-select ...)

• 告诉Homebrew哪里是Xcode

然后我就可以：

$ brew install hdf5

它没有正确链接，因为我的/usr/local/lib是不可写的。检查brew doctor，看看是否有任何未链接的包：

$ brew doctor
Warning: You have unlinked kegs in your Cellar
Leaving kegs unlinked can lead to build-trouble and cause brews that depend on
those kegs to fail to run properly once built.

    hdf5
    szip

所以我把dir写成可以用

$ brew link hdf5
$ brew link szip

那我就可以

$ sudo pip install h5py

还有预告片。

>>> import h5py
>>>