rJava未能使用rJava库和javareconf失败

Question

我正在它自己的服务器上运行Rstudio。Java安装了良好的java_home和bin。安装了r。安装了rJava。

尝试执行命令：library("rJava")但与libjvm.so有问题，请按照Rstudio命令执行--我用根执行了sudo R CMD javareconf。

下面是我的javareconf的输出：

Java interpreter : /home/scoremd/jdk1.7.0_03/jre/bin/java
Java version : 1.7.0_03
Java home path : /home/scoremd/jdk1.7.0_03
Java compiler : /home/scoremd/jdk1.7.0_03/bin/javac
Java headers gen.: /home/scoremd/jdk1.7.0_03/bin/javah
Java archive tool: /home/scoremd/jdk1.7.0_03/bin/jar
NOTE: Your JVM has a bogus java.library.path system property!

Trying a heuristic via sun.boot.library.path to find jvm library...
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64:$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64 -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux

似乎找到java库路径有问题..。但是我的java运行得很好，R也很好。

我没有收到来自RStudio支持和社区的任何解决方案(告诉我这么问……)。

Answer 1

我的Centos服务器上安装了rstudio服务器。有几个用户使用rstudio，我们决定将R从3.6升级到4.0。

升级后：

• 所有用户都在运行R4.0。
• 没有用户可以使用install.package( rJava )安装rJava。这个错误总是弹出

配置:错误:无法编译简单的JNI程序。详情请参见config.log。确保安装了并在R中正确注册，如果有疑问，请将“”作为root重新运行。错误:包“rJava”配置失败

运行install.packages('rJava')的

• 运行SUDO，CMD javareconf运行顺利，而且当我以根用户身份打开R并尝试使用时，它安装的包非常好。(我不知道，root运行R3.6和users 4.0，请参阅解决方案below)
• However --它没有为solution服务器中的用户安装包。总是声明相同的“尝试运行searching”，就好像用户的

路径是错误的一样。因此，我们尝试将"JAVA_HOME“变量设置为安装Java的相同路径(通过在yum中搜索已安装的包)。这并没有解决这个问题。

--我的解决方案--我看到当所有用户运行4.0时，root运行的是3.6VersionR。这是因为我在另一个目录中安装了4.0。R4.0的目录恰好是用户首先找到的。但是对于根用户..。它首先找到R3.6的路径。因此，我在根用户的$PATH变量中设置了4.0文件夹的路径，以便在找到R3.6之前找到version 4.0

出口PATH="/usr/local/bin:$PATH"

• echo
• echo $PATH
• $PATH

然后，我以那个用户的身份运行R，运行“”，安装了软件包，所有用户都很高兴并再次工作。

(免责声明，我不是一个经验丰富的linux管理员，可能有一个更好的解决方案运行不同的R版本)

Answer 2

我已经有一段时间没有使用rJava了，它是在Windows上运行的，但我有一些注释可能会对您有所帮助：

• Make确保JRI本机库位于java.library.path
  • 中列出的目录中(也使用Process Explorer确认jri.dll为loaded)

)。

​

在执行library(rJava)时，R进程加载jvm.dll

在您的情况下，用libjvm.so替换libjvm.so，用与您相关的任何.so文件替换jri.dll。