Sweave Cache包

Question

我试图获得一份报告，而我的问题是，每次我编译R时，都会加载我在报告中使用的包(比如ggplot2、海量、立方体.)。这很费时。有办法把包裹拿出来吗？

我找到了cacheSweave，但它不起作用。

这是我在sweave文件中添加的块：

<<cacheSweave, eval=TRUE, echo=FALSE, term=FALSE, cache=TRUE>>=
library(cacheSweave) 
 lapply(c("ghyp","MASS","nloptr","cubature","ggplot2"), require, character.only=T)
@

谢谢

Answer 1

由于您对knitr包很感兴趣，所以我花了一些时间实现这个特性，您可以从https://github.com/yihui/knitr下载开发版本。正如我说过的，cacheSweave不保留任何副作用；当前knitr在CRAN上的稳定版本只保留打印的副作用，加载包的副作用保存在GitHub的开发版本(>= 0.3.3)中。运行缓存块时，所有包名都缓存在文件__packages中。下次重新构建这个块时，在执行块中的代码之前将加载所有包，否则将跳过这个块。换句话说，包只有在真正需要的时候才会加载。

另一种方法是使用块钩子，这不需要安装开发版本。例如，可以添加一个名为packages的块选项，并设计如下所示的块钩子：

<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=
knit_hooks$set(packages = function(before, options, envir) {
  if (before) {
    ## load packages before a chunk is executed
    for (p in options$packages) library(p, character.only = TRUE)
  }
})
@

然后，您可以使用以下块选项：

<<test, packages=c('MASS', 'ggplot2')>>=
qplot(rnorm(100))
@

其中选项packages是包名的字符向量，由上面定义的块钩子使用。这种方法的缺点是您可能必须为许多块指定这个packages向量，而第一种方法是自动的。您可能需要花几分钟学习块钩子如何在knitr：http://yihui.name/knitr/hooks中工作。

Answer 2

您不会在Sweave (rnw)文件中调用library(cacheSweave)。考虑以下test.rnw文件：

\documentclass{article}
<<cachedCode,cache=TRUE>>=
#this Sweave block will be cached
@
\begin{document}
\end{document}

然后，您将使用以下方法运行该程序：

require(cacheSweave)
Sweave('test.rnw', driver=cacheSweaveDriver)